11.基于TCGA构建分析侵袭性乳腺癌ceRNA调控网络

题目: The construction and analysis of ceRNA networks in invasive breast cancer: a study based on The Cancer Genome Atlas

DOI: https://dx.doi.org/10.2147%2FCMAR.S182521

数据集: TCGA数据库

样本:

mRNA and lncRNA: 1,208 个, 包括 112 正常组织和 1,096 侵袭性乳腺癌组织
miRNA：1,193 个, 包括 103 正常组织 和 1,090 侵袭性乳腺癌组织

分析方法:

R:limma包差异分析( log 2-fold change ≥2.0 and P-value <0.01)
miRcode (http://www.mircode.org/) ：lncRNAs and miRNAs， DElncRNAs and DEmiRNAs 预测
TargetScan(http://www.targetscan.org/), miRDB (http://www.mirdb.org/miRDB/),miRTarBase (http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/): miRNA–mRNA 预测
Cytoscape v3.0: 构建ceRNA-LncRNA-miRNA网络
Cytoscape plugin BiNGO: 富集分析

文章数据：

1.侵袭性乳腺癌的差异mRNA/lncRNA/miRNA热图，火山图

2.侵袭性乳腺癌中的差异lncRNA–mRNA–miRNA ceRNA 网络

3.差异mRNA富集分析结果

4.关键DElncRNA的生存曲线

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