比对结果去重软件：sambamba的安装以及安装出错解决办法

sambamba主要有filter，merge,slice和duplicate等七个功能来处理sam/bam文件。

图1 sambamba的功能介绍

功能详细介绍见：Sambamba documentation (lomereiter.github.io)

其中的duplicate功能真是太好用了，可以用来代替picard去除重复序列，在筛选标准不变的前提下速度能提升30倍以上。且一直都有更新，目前已经更新到sambamba-0.8.2版本。
具体版本见：Releases · biod/sambamba · GitHub

sambamba有两种安装方式：

1.下载源码文件后编译

wget -c https://github.com/biod/sambamba/archive/v0.6.9.tar.gz
tar -zxvf sambamba-0.6.9.tar.gz
cd sambamba
make

这个时候可能会报错

which: no ldmd2 in （***）
python3 ./gen_ldc_version_info.py > utils/ldc_version_info_.d
make: *** [utils/ldc_version_info_.d] 错误 1

这是因为没有安装ldc这个库，那么就先来安装ldc这个库

wget -c https://github.com/ldc-developers/ldc/releases/download/v1.15.0-beta2/ldc2-1.15.0-beta2-linux-x86_64.tar.xz
tar -Jxvf ldc2-1.15.0-beta2-linux-x86_64.tar.xz
cd ldc2-1.15.0-beta2-linux-x86_64/lib
echo "export PATH=`pwd`:$PATH" >>~/.bashrc
source ~/.bashrc

然后再来安装sambamba

make

还有报错：

make: ldc2：命令未找到
make: *** [singleobj] 错误 127

网上搜到解决方案有多种：
1、切换成root账户再执行（我这边不ok）
2、chmod 777 -R 目录/ （解决问题）

上边的方法2试过，并没有解决问题；由于是非root账户，没办法验证方法1，有条件的同学可以试试看，欢迎反馈尝试结果。
!!!!!!未解决

于是居然发现了另一个捷径：

2.直接下载封装文件

不需要编译，下载完成后直接使用：

wget https://github.com/biod/sambamba/releases/download/v0.8.2/sambamba-0.8.2-linux-amd64-static.gz
gunzip sambamba-0.8.2-linux-amd64-static.gz
mv sambamba-0.8.2-linux-amd64-static sambamba
./sambamba  --help #检查是否可运行
echo "export PATH=`pwd`:$PATH" >>~/.bashrc
source ~/.bashrc

清爽又好用，真香！！！

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