测序数据比对到基因组正负链？

关于bam文件第二列的flags:

第一列代表的是二进制，我们在bam文件里看到的其实是十进制，下面有个例子，讲述了怎么把十进制转成二进制。但是我不明白第二列为什么是0*1,0*2等等。

比如bam文件里的flag是1169，我们把它转变成二进制，并且对应到每个description.

#bam flag 1169

echo'obase=2;1169'| bc  ====== 10010010001

把这个二进制倒着按下表的顺序，1的话，就代表这个情况存在。

flag description.

如果segment1指的是read1, next segment指的就是read2.

为什么说是反链呢？我们都知道DNA的合成方向是从5’到3’的，正链=有义链=模板连=序列和mRNA序列相同，反链=无义链=编码链=编码mRNA的链。

但是我有两个疑问，参考基因组写的那个是哪条链？全部是反义连？等到自己想明白了，在回答吧。

先记录这个链接：https://www.cnblogs.com/xudongliang/p/5437850.html