学习小组Day3笔记--素还真

1.使用帮助

当我们不明白其中一个命令的用法时，可以使用命令+ --help
示例：rm --help

-- help的用法

当在删除miniconda3文件时，结果是：

rm -r miniconda3/

我们会发现一直会出现提示是否删除，因为文件太多，一个个回答y不现实，所以使用了强制删除rm -f
具体为： rm -f miniconda3/

下面开始重新安装miniconda

下载miniconda

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
结果为：

结果文件示例

安装软件 （预计跟shell脚本有关）

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh或sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

注意点：

bashrc为配置文件，这一步意味着修改了配置文件

修改完配置文件后并不会立即生效，需要source一下才能生效
示例：source .bashrc
还有一种方法，就是你重新打开一个远程连接窗口，会在配置新开的窗口生效，此时并不用source

修改conda的软件下载路径，改为国内镜像地址，可以加快下载速度

需要注意的是：有很多生信软件的国内镜像地址只有64位系统的路径，因此最好把系统换为64位的，下面的步骤才能顺利运行。

创建运行环境

因为不同的种类基因组操作需要不同的运行环境，最好使每个运行环境互不影响
创建 rna-seq的环境conda create -n rna-seq python=2
查看所有环境：conda info --envs
激活环境与退出环境的代码为：

image.png

激活环境后，注意root前的内容

安装软件

conda install -y fastqc
-y表示yes，省略中间询问过程

卸载软件

conda remove -y fastqc

查看安装软件列表

conda list