2021-09-20libbz2.so.1.0: cannot open shared object file: No such file or directory

在解决这个报错的过程中，我学到了Linux下解决问题的一种新思路。这个报错很早之前就遇到过，当时是用自己安装的miniconda来下载安装samtools（非root用户），安装完成之后运行就这样报错了，但是其他的软件又可以正常运行，比如bwa。今天安装deeptools，也是这个情况：成功安装了，就是无法运行，显示缺文件。
  我在/usr/lib64/文件夹下面找了找，看到了类似的文件

$ cd /usr/lib64/
$ ll libbz2*
lrwxrwxrwx. 1 root root  11 Aug 30  2018 libbz2.so -> libbz2.so.1
lrwxrwxrwx. 1 root root  15 Aug 30  2018 libbz2.so.1 -> libbz2.so.1.0.6
-rwxr-xr-x. 1 root root 67K Nov 20  2015 libbz2.so.1.0.6

这几个文件（其实只有一个libbz2.so.1.0.6）和我们需要的libbz2.so.1.0名称很相似，猜测作用应该是一样的，能不能软链接一下？肯定是不行的，非root用户没有权限在/usr/lib64/这种目录下面瞎搞。

$ ln -s libbz2.so.1 libbz2.so.1.0
ln: failed to create symbolic link ‘libbz2.so.1.0’: Permission denied

不过我有个办法，就是把/usr/lib64/下面的这几个文件拷贝到自己的目录下面，这样就能肆意盘它了。问题又来了，拷贝到哪个目录下面？我放到了mypath/miniconda3/lib下面，因为既然目录名称都叫"lib"，说明存放的文件类别相同，并且我在mypath/miniconda3/lib下面也找到了很多libso这样的文件。

$ cp libbz2.so.1 ~/miniconda3/lib

接着在mypath/miniconda3/lib目录下面软链接或是改名称

$ cd ~/miniconda3/lib
$ ln -s libbz2.so.1 libbz2.so.1.0
$ ll libbz2*
-rwxr-xr-x. 1 huangsiyuan grp3  67K Jul  9 19:39 libbz2.so.1
lrwxrwxrwx. 1 huangsiyuan grp3   11 Jul  9 19:43 libbz2.so.1.0 -> libbz2.so.1

再运行bamCoverage或是samtools就没问题了

类似的问题也可以用另外一种思路解决：libiconv.so.2: cannot open shared object file: No such file or directory

作者：TOP生物信息
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