Linux系统下aspera的下载、安装和NCBI、EBI的数据下载

上一篇介绍了sratools，但是因为其过于垃圾，所以就不推荐。
换一个好用的aspera。

1.aspera下载
先进入https://www.ibm.com/products/aspera/downloads?list
然后找到如图所示的IBM Aspera Connect。因为数据一般是下载在服务器上，所以需要选择linux版本进行安装。

image.png

点击View documentation就会有不同的版本，选择最新的版本。

image.png

点进去，然后。。。。。。我忘了下载地址在哪里了。

你们自己找下载地址吧。
上次下载和这次写教程的时间间隔有点久，我也忘记了在哪里下载的。
你们要是找见的话，麻烦评论区留个言呀。指不定哪天我也需要呢~~

反正，最后下载下来的文件长这样：

image.png

2.解压缩、安装

tar -zxvf ibm-aspera-connect-3.11.0.5-linux-g2.12-64.tar.gz

解压缩之后，得到一个.sh文件，运行下面的命令：

sh ibm-aspera-connect-3.11.0.5-linux-g2.12-64.sh

然后，在你的根目录下就会生成一个.aspera的目录。
划重点，是根目录，不是当前目录。

ls -a

就可以看见.aspera了。
然后一路进入目录，直到bin下，里面有ascp。
为了运行方面，把它添加到你的环境变量里面。
可以直接打开.bashrc把ascp写进去，或者运行如下命令：

echo 'export PATH=~/.aspera/connect/bin:$PATH' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
ascp --help

好了。

3. 运行
   先来看看ascp的参数吧
   -T 不进行加密。若不添加此参数，可能会下载不了。
   -i 输入私钥，安装 aspera 后有在目录 ~/.aspera/connect/etc/ 下有几个私钥，使用 linux 服务器的时候一般使用 ~/.aspera/connect/etc/ asperaweb_id_dsa.openssh 文件作为私钥。
   --host=string ftp的host名，NCBI的为ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov；EBI的为fasp.sra.ebi.ac.uk。
   --user=string 用户名，NCBI的为anonftp，EBI的为era-fasp。
   --mode=string 选择模式，上传为 send，下载为 recv。
   -l string 设置最大传输速度，比如设置为 200M 则表示最大传输速度为 200m/s。若不设置该参数，则一般可达到10m/s的速度，而设置了，传输速度可以更高。
   –k 断点续传，一般选1.
   -P 提供SSH port，端口一般是33001。而且anonftp的时候不需要，era-fasp的时候需要。
   示例：
   3.1. 从NCBI上下载

ascp -T \
-i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh  \
-k 1 -l 200m \
[email protected]:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR620/SRR6208854/SRR6208854.sra ./sra/

3.2. 从EBI上下载

ascp -k 1 -QT -l 300m -P33001 \
-i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \
[email protected]:/vol1/fastq/SRR854/SRR854523/SRR854523_1.fastq.gz ./sra/

一般都是没问题的。

4. 个人经验
   但是，我就很惨兮兮。。。。
   每次都会报错。啊~~~~~~奔溃。

   
   
   image.png

为啥呢？
检查了很多遍各种路径，没问题呀！
最后发现这个服务器 没有接外网。啊。眼泪流下来。
怎么发现的呢？

ping www.baidu.com

就这样吧，要去解决连接外网的问题了。