国科大课程：基因组信息系统与实践笔记（19/4/23）——ligc

tip：昆虫，水生动物基因组杂合度较高。

植物基因组组装的挑战

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gene family，tandem replicates，polyploid，genome size，high heterozygosity，clustered located repeat，high repeat content

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Genome survey

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kmer评估基因组大小和基因组杂合度

M=N*（L-K+1）/L

M：kmer peak；N：real sequencing depth；L：read length；K：kmer length

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杂合度和重复度的评估

基因组注释之后将外源污染序列识别并去除（kmer低频区）：比对

重复序列的特征：真核/原核

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2019/4/30

基因组学分析与实践

基因组组装

resequencing genome

de novo assembly

de bruijin(k-mer）

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动物基因组intron普遍偏长，可以采用unigene

基因组拼接评估：

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depth VS coverage

基因结构及功能注释

蛋白，rna，软件预测三种都有的最准确

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三代测序应用

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泛基因组(pan genome）

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优先保证样品纯度和质量

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三代测序没有scaffold，单向测序。

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DNA测序成本更低• 可应⽤于更加复杂的基因组• 解决⼤⽚段的结构难题• PCR-free，No GC-bias • 更⾼的N50、contigs数量更少、99.999%的准确率;

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