安装需要编译的R包时报错（llvm/clang）

时隔两年更新一下，我已经不确定我这篇回答正不正确了，但我提供一个新的解决方案，可以先尝试这个

先用brew把llvm更新一下，然后再用下面的方法

To use the bundled libc++ please add the following LDFLAGS:

    LDFLAGS="-L/usr/local/opt/llvm/lib -Wl,-rpath,/usr/local/opt/llvm/lib"

llvm is keg-only, which means it was not symlinked into /usr/local, because macOS already provides this software and installing another version in parallel can cause all kinds of trouble. 

If you need to have llvm first in your PATH, run:

    echo 'export PATH="/usr/local/opt/llvm/bin:$PATH"' >> ~/.zshrc

For compilers to find llvm you may need to set:

    export LDFLAGS="-L/usr/local/opt/llvm/lib"

    export CPPFLAGS="-I/usr/local/opt/llvm/include"

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本篇文章运行的环境是macOS Mojave

但本质问题应该都是Clang的问题

关于Non-zero exit status这个报错，其实它只是一个代指，而且后面我们会看到它的开头是Warning，这也提示这不是错误的最关键因素，一般关键的因素是Error开头，如Clang的报错

当我们在R上想安装一些包的时候，原网址只提供源代码形式的包供我们下载，下载后需要自行安装，例如下图：

源代码形式的包

我们输入yes后，R会自动下载源代码形式的R包，并开始安装，如下图：

下载R包

然而，安装时出现了clang: error: unsupported option '-fopenmp' 以及 Warning messages:1: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) : installation of package ‘Rsamtools’ had non-zero exit status

如下图：

clang和non-zero exit status的报错

这里的本质问题出在clang上

由于我们下载的是源代码形式的包，编译这一步需要我们自己完成，而clang主要负责编译时的前端工作，如下图：

Clang和LLVM

Apple的Clang貌似是出了什么问题，或者与R不兼容之类的，我也不甚清楚，反正就是用不了了，要重新下载一个Clang提供给R来使用。

用Brew下载LLVM（其中包含Clang）

brew install llvm

将新下载好的Clang贴一个软链接给原有的Clang

这一步相当于将原有的Clang替换成我们下载好的Clang

ln -s /usr/local/opt/llvm/bin/clang /usr/local/bin/clang

ln -s /usr/local/opt/llvm/bin/clang++ /usr/local/bin/clang++

老规矩，llvm/bin/clang或者llvm/bin/clang++前面的路径是你自己电脑里llvm所在的文件夹

ln -s [新的clang所在位置] [老的clang所在位置]

注意，这里clang和clang++都需要替换成新下载的，以防不测

写一个Makevars的文件

这一步比较玄学，但必不可少

mkdir ~/.R

cd .R

vim Makevars

这三步的意思就是

1、在目录里（一般都是最大的那个apple的文件夹）创建一个.R的文件夹

2、转到这个.R的文件夹

3、用vim编辑器写一个文件

文件内容如下：

CC=/usr/local/clang/bin/clang

CXX=/usr/local/clang/bin/clang++

LDFLAGS=-L/usr/local/clang/lib

老规矩，这里的路径都是因个人电脑而异，基本任务就是找到clang、clang++（这两个我们在上一步都找到了）、以及lib这个文件夹

Vim的使用方法我过会再写一篇，包括brew的安装与使用

最后一步：把clang中bin的文件夹写到环境变量中

在apple这个文件夹中找到bash_profile这个文件

bash_profile这个文件是隐藏文件，需要用快捷键Shift+Command+. 这三个按键来显示

点开后在最后一行加入如下代码：

export PATH="/usr/local/Cellar/llvm/8.0.0/bin:$PATH"

最后一切就都解决了

由于我对电脑和编程本身一窍不通，以上都是Google了其他人的做法后，翻译或者整理过来的。

参考链接：

https://www.cnblogs.com/flipped/p/9033023.html

https://github.com/velocyto-team/velocyto.R/issues/2