Entrez ID 和 gene symbol 和 Ensembl ID转换

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bioDBnet - Biological Database Network

db2db模块可以非常方便地实现各种ID之间的转换，当然 bioDBnet的功能有很多，可以试试。

手动迁入编程版

library(AnnotationDbi)
library(org.Hs.eg.db)
library(tidyverse)

如果你有基因

gene <- c("SDC1","CXCL2","CYR61","PSMD2","GRB2","CMTM1","CTSE","VEGFC","CBL")

想知道其对应的ENTREZ ID 或者 ENSEMBL ID

第一种方法 ：select

select(org.Hs.eg.db, #.db是这个芯片数据对应的注释包
                      keys=gene,
                      columns=c("SYMBOL","ENSEMBL","GENENAME"), #clolumns参数是你要转换的ID类型是什么，这里选择三个。
                      keytype="SYMBOL" )

第一种方法 ：mapIds

mapIds(org.Hs.eg.db, #.db是这个芯片数据对应的注释包
       keys=gene,
       column="ENTREZID", #clolumns参数是你要转换的ID类型是什么，只能选择一个。
       keytype="SYMBOL" )

第三种方法

mget(gene,org.Hs.egSYMBOL2EG, 
                  ifnotfound=NA) %>% unlist()
g<- mget(gene,org.Hs.egSYMBOL2EG, 
     ifnotfound=NA) %>% unlist()
mget(na.omit(g) ,org.Hs.egENSEMBLTRANS, 
     ifnotfound=NA) %>% unlist()