生信小白如何在半年收到核心期刊录用证明顺利毕业！！！（基因家族成员基本性质的分析）

前面推文已经把家族基因的成员确定了，现在对这些成员做一些基本的分析，包括1.理化性质分析、亲/疏水性，有无信号肽/跨膜结构域和亚细胞定位。做成表格，其他分析大都图片形式）2.基因染色体分布情况3.基因结构分析（外显子内含子分布及数量）、基序分布和保守结构域分析（与确定家族成员重复，可视化更为直观，如果家族基因数量不多可以把两张图合并）。

1. 基因家族成员基本分析：A.理化性质的分析（分子量，等电点，不稳定指数，总平均亲水性，脂肪指数等，根据自己分析需要整理）B.亲疏水性 C.跨膜区分析 D.信号肽预测 E.亚细胞定位

B.https://web.expasy.org/protparam/ （在理化性质的结果页面GRAVY数值显示，预测蛋白质中所有氨基酸的亲水性值总和÷氨基酸残基数量）。

https://web.expasy.org/protscale/（结果图片形式显示，纵坐标Score，大于0表示疏水性，小于0表示亲水性）。

C.http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/（结果页面Number of predicted TMHs数值显示有几个，包括具体信息附有图片）

D.https://services.healthtech.dtu.dk/service.php?SignalP（结果页面Prediction: Other）

E.http://cello.life.nctu.edu.tw/cgi/main.cgi（结果页面显示CELLO Prediction不同数值显示）

2.基因染色体分布情况（简单来说，栽培花生有20条染色体，基因家族成员在这些染色体上分布是否位于两端?每条染色体上的数目是否一样，哪条染色体上基因家族成员的数量最多/少?）

（1）Graphics→Show Genes on Chromosome→Gene Location Visualize from GTF/GFF→拖入基因组注释文件（.gff3/.gtf）和所有基因家族成员的基因ID（串联重复基因有也可显示）

（2）每条染色体上家族成员的数量可自行统计做图，看对文章分析的重要和完整性而定

3.基因结构分析、基序和保守结构域分析（如果基因家族成员不多，基因结构，基序和保守结构域和进化树可以合并可视化，从而对家族成员的鉴定进行再次确认）

（1）Graphics→Bio Sequence Structure Illustrator→Gene Structure View（Advanced）→拖入相应准备的文件，右侧参数可以自行设置与摸索（根据自己分析需求选择单一或整合模块）。

需要准备相应文件：A.基因组注释文件（显示基因结构分布）B.进化树的树文本文件（MEGA进行多序列比对后保存）C. MEME网站预测直接保存的基序分布文件mast.xml D. 保守结构域文本文件需要自行整理（包含基因ID、起始位置、结束位置和结构域名称Gene/From/To/Short name）

家族成员基本性质的分析涉及的图片较多，保存时尽量选择高分辨率以上（本人投稿杂志社要求彩图在600dpi以上），不然返图确实很麻烦。