NCBI-BLAST
SRA-Toolkit
HISAT2 用来rna-seq
bwa 用来DNA
环境变量：
env
export
显示变量值：echo $变量名 变量名之前一定要有$ echo才能讲变量名替换成实际变量值
vim ~/.bashrc [ G 跳转最后一行 、 shift+g ]
echo $PATH
启动环境：source activate
添加镜像源：conda config -add conda config --show
查看已有环境：conda env -info
搜索：conda search
创建新环境：conda create -n env_name -prefix python=2 bwa
一般 bash XX.sh 就是安装这个.sh文件
预编译文件：
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.11.0+-x64-linux.tar.gz
tar -zxvf ncbi-blast-2.11.0+-x64-linux.tar.gz
mv ncbi-blast-2.11.0+ blast
vim ~/.bashrc
export PATH=/home/zhanghan01/biosoft/blast/bin:$PATH
source ~/.bashrc
wget -c https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.8/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64.tar.gz [ c表示 断点重连]
tar -zxvf sratoolkit.2.10.8-ubuntu64.tar.gz
mv sratoolkit.2.10.8-ubuntu64 sratoolkit
安装包从windows下载的：
unzip hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip
这样直接解压下来即可，要使用就通过绝对路劲方式： /home/zhanghan01/biosoft/hisat/hisat2
相对路径： export PATH=$PATH:/home/zhanghan01/biosoft/hisat 再hisat2 也可以使用了
但如上是一次性的，只有加入 .bashrc才可，算是永久搞定。
源代码编译：
configure 配置安装环境
make 编译源代码
make install 将编译好的可执行文件安装到目标文件夹
举例 zlib
wget https://www.zlib.net/zlib-1.2.11.tar.gz
tar -zxvf zlib-1.2.11.tar.gz
cd zlib-1.2.11/
./configure --prefix=/home/zhanghan02/sysoft/ (安装到后面目录里)
make
make install
wget http://mama.indstate.edu/users/ice/tree/src/tree-1.8.0.tgz
tar -zxvf tree-1.8.0.tgz
cd tree-1.8.0/
less README
less INSTALL
make
make install make install后面不加[make install prefix=/home/zhanghan02/sysoft/ ]命令，会安装在/usr/bin/tree目录下 ，
安装了就在后面所标的目录下，which tree下就知道了，查出其安装所在的位置。
如上个zlib的安装。
提几个问题：
1、为什么make install 要增加prefix
2、为什么configure 有些需要有些不需要
如果不configure，而直接make会发生什么情况？就拿zlib-1.2.11来说事，解压下、再vim Makefile看下，所见就2 行，缺，此软件必须先configure，也就是不全。
configure作用 检查系统 构建Makefile。但tree就无需这么麻烦，可能就是所需配置简单吧。