对于生物信息的几款软件的深究

NCBI-BLAST

SRA-Toolkit

HISAT2        用来rna-seq

bwa            用来DNA

环境变量：

env

export

显示变量值：echo $变量名 变量名之前一定要有$ echo才能讲变量名替换成实际变量值

vim ~/.bashrc    [ G 跳转最后一行  、  shift+g  ]

echo $PATH

启动环境：source activate

添加镜像源：conda config -add conda config --show

查看已有环境：conda env -info

搜索：conda search

创建新环境：conda create -n env_name -prefix python=2 bwa

一般  bash XX.sh    就是安装这个.sh文件

预编译文件：

wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.11.0+-x64-linux.tar.gz

tar -zxvf ncbi-blast-2.11.0+-x64-linux.tar.gz

mv ncbi-blast-2.11.0+ blast

vim ~/.bashrc

export PATH=/home/zhanghan01/biosoft/blast/bin:$PATH

source ~/.bashrc

wget -c https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.8/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64.tar.gz  [ c表示 断点重连]

tar -zxvf sratoolkit.2.10.8-ubuntu64.tar.gz

mv sratoolkit.2.10.8-ubuntu64 sratoolkit

安装包从windows下载的：

unzip hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip

这样直接解压下来即可，要使用就通过绝对路劲方式：  /home/zhanghan01/biosoft/hisat/hisat2

相对路径：    export PATH=$PATH:/home/zhanghan01/biosoft/hisat  再hisat2  也可以使用了

但如上是一次性的，只有加入    .bashrc才可，算是永久搞定。

源代码编译：

configure 配置安装环境

make    编译源代码

make install    将编译好的可执行文件安装到目标文件夹

举例  zlib

wget https://www.zlib.net/zlib-1.2.11.tar.gz

tar -zxvf zlib-1.2.11.tar.gz

cd zlib-1.2.11/

./configure --prefix=/home/zhanghan02/sysoft/ (安装到后面目录里)

make

make install

wget http://mama.indstate.edu/users/ice/tree/src/tree-1.8.0.tgz

tar -zxvf tree-1.8.0.tgz

cd tree-1.8.0/

less README

less INSTALL

make

make install    make install后面不加[make install prefix=/home/zhanghan02/sysoft/  ]命令，会安装在/usr/bin/tree目录下 ，

安装了就在后面所标的目录下，which tree下就知道了，查出其安装所在的位置。

如上个zlib的安装。

提几个问题：

1、为什么make install 要增加prefix

2、为什么configure 有些需要有些不需要

如果不configure，而直接make会发生什么情况？就拿zlib-1.2.11来说事，解压下、再vim Makefile看下，所见就2 行，缺，此软件必须先configure，也就是不全。

configure作用 检查系统 构建Makefile。但tree就无需这么麻烦，可能就是所需配置简单吧。