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2022-10-14差异表达

差异表达分析95120

组的含义是样本在不同时期基因表达的差异

1.输入

-生成的config.matrix，表示为reads counts 矩阵。
-样本信息表（sample.info.txt）

vi filename

在文档中建立分组与样品一一对应的文件。
-比较信息表
vi contrast.txt
组1 组2
组2 组3
......

软件&命令

-DESeq2/edgeR
-trinity软件包里有run_DE_analysis.pl程序可以直接分析
可以使用conda 安装该软件
运行：

参考代码

-查看新生成的目录下的result文件即可

差异表达的原理

-1.假设检验的方法计算
p值，一般小于0.05认为有差异
生物学重复越多，鉴定到的差异表达基因也就越多
筛选条件：
Padj<0.05且Fold Change>2
筛选出的结果进行可视化
火山图和热图

无生物学重复的情况

上方的运行程序修改，且仅能用edgeR的软件进行，再设置组内分歧度。


参考代码

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