1.8featureCounts

htseq实在太慢了，尝试一下featureCounts
1.下载安装
https://sourceforge.net/projects/subread/
或者

sudo apt install subread # 1.6.0 当前最新版为1.6.4
conda subread

2.参数相关

基础和htseq-count类似，-a *.gtf -o *.count -i *.bam

featureCounts -h

option分以下几部分，第一部分为索引相关

annotation

第二部分

2

第三部分

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第四部分

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第五部分

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第六部分

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第七部分

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第八部分

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第九部分

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第十部分

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第十一

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第十二

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第十三

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先试试水：

featureCounts -T 6 -p -a gencode.v29lift37.annotation.gtf -o f4.txt 4h.bam

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速度虽然没有传说的快，但也很厉害了，看了一下可能限速的是硬盘，硬盘的使用率一直上不来，又要更新硬件了....