Cytoscape + STRING + cytoHubba 联合使用寻找hub基因

今天是不用学代码利用生信软件联合“点点点”就可以取得hub基因的“白痴”实操，赶快点起来～

Hub基因（关键基因）是在生物学过程中发挥重要作用的基因，它往往在通路中为主导地位调控其它基因，它是重要的作用靶点和研究热点。

Cytoscape 的安装和使用

Cytoscape 是一款非常优秀的生物信息分析软件，该软件可以在分析生物数据的时候提供图形化的操作方式，支持多种多种分析方式，可以选择分析网络，帮助用户对网络进行构建，用户可以轻松整合模块化网络和生物科学联系网络图的绘制；还能够通过集成、分析和可视化数据来达到分析网络的目的。
有网页版的Cytoscape 可以使用，但是想个性化和更自由的自定义化Cytoscape 的分析结果，还是推荐大家在自己安装Cytoscape来使用。

官网：https://cytoscape.org/download.html
安装它之前要先安装好Java 8 这里提醒下，安装官网
https://www.oracle.com/java/technologies/javase/javase-jdk8-downloads.html

安装好后打开Cytoscape，其主页面如图1

图1

那如何使用呢，现在我们就上实例，包学包会～
Cytoscape 需要有网络图数据才能具体开始工作，如我们点击‘Sample Sessions’里第一个网络图就可以得到的如图2所示的网络图，

图2

在视图框里就可以看到网络图，可以选择工具栏里的工具从不同维度来查看网络图，数据框里就会看到网络图对应的数据信息，如果要做个性化网络图的外观就可以在试图工作面板选择style来做更改～
还可以做在菜单栏里点击Apps在Cytoscape里安装插件结合其他工具来做相应功能

使用STRING得到蛋白质作用图

STRING是一个可搜索蛋白质与蛋白质相互作用网络的数据库，如果输入单个蛋白质名称进行搜索可以得到与该蛋白互作的所有蛋白质互作，如果输入多个蛋白质进行搜索可以得到输入的蛋白质之间的互作网络。

1.打开 STRING网站 https://string-db.org/ ，如图3 ，如点击Multiple proteins输入或上传自己感兴趣的基因集/差异基因集，然后点击search，之后网站会提示需要选择物种信息和再确认有歧义的基因，这里选Homo sapiens，都为输入的基因选数据库里匹配的第一个，实际情况中大家根据自己的研究来哦，点continue 后就可以

图3

2.结果会得到如图4所示的蛋白质作用图，我们需要把这个网络作用图导入到Cytoscape中，所以这里我们选择如图5中的功能把结果文件导出

图4

图5

在Cytoscape中导入STRING的结果文件

1. 在cytoscape中点击导入网络图的，然后选择刚才下载好的蛋白质网络作用图，点击open，如图6，然后便可得到如图7所示的网络作用图

   
   
   图6
   
   
   图7

2. 个性化自己感兴趣的蛋白质作用图，点击style视图工作面板，在这里你可以随心的修改网络图的style , 如图8节点填充的颜色等网络图的属性。

   
   
   图8

使用cytoHubba寻找hub基因

Cytohubba是Cytoscape软件用于识别hub节点的插件，它提供12种分析算法来计算蛋白质互作网络图中的hub基因，包括度数、边缘渗透分量 (EPC)、最大邻域分量 (MNC)、最大邻域分量的密度 (DMNC)、最大集团中心性 (MCC) ) 和基于最短路径的中心性，Bottleneck（BN）、EcCentricity、Closeness、Radality、Betweenness 和 Stress。

1.如果你发现你的Cytoscape里还没有安装cytoHubba插件，你需要点击菜单栏的Apps,打开app manager,搜索插件安装，如图9，当你安装好后，会在视图菜单栏上看见cytoHubba的存在

图9

2.在视图处理工作面板点击cytoHubba,选择刚才打开的网络图，点击”Nodes’Scores”的Calculate ，这里有12种算法可供选择来计算hub基因，这里我们实例 MCC，默认选择top的nodes，然后再点击 submit

图10

3.然后你会在网络图的区看到MCC算法计算出的hub基因，可选择save current rank 保存当前的hub网络，使用其它算法计算 hub基因时，便可返回3，选择其它算法来提交计算，重复之前的步骤即可

图11

4.你保存后的hub网络图可在network 的工作中面板中可见，同样也可以个性化这个hub基因的作用图哦！

image.png

最后把重复不同的算法计算的hub基因作用图都可以拿出来比一比，根据自己的研究取下交集或并集哦，最后记得保存当前的网络图save session ，方便下一次又回来修改自己的图！赶紧撸起袖子干起来！