Anaconda的安装和使用（Linux系统）

1 安装Miniconda

#下载安装包

wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh --no-check-certificate

#安装miniconda

sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

注意：

1) 使用“Enter”查看license agreement；

2）查看完license agreement后，需要输入“yes”表示接受才能继续；

3） 需要确认安装路径，可以使用”Enter键”确认安装在根目录（建议不更改）；

4）经过1-2分钟安装完成后，需要同意安装器是否初始化miniconda，需要输入“yes”同意后，miniconda的“PATH”才能加入到~/.bashrc 。

#让添加miniconda路径可执行

source ~/.bashrc

2 设置国内镜像

conda默认使用的国外镜像源速度相对较慢，通常为了正常运行，会使用清华的镜像。

如果不设置的话经常会出现这样的报错：CondaHTTPError: HTTP 000CONNECTION FAILED for url

#恢复conda的源为默认

conda config --remove-key channels

#添加国内镜像

conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/linux-64

conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/linux-64

conda config --add channels http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/linux-64

#显示channel地址

conda config --set show_channel_urls yes

#设置channel的优先级别为弹性的

conda config --set channel_priority flexible

命令执行完成后会形成：.condarc文件

#编辑.condarc文件

vim ~/.condarc

点击insert进入编辑模式

删除底部的-default，

点击esc，退出编辑模式，然后输入“：wq”退出

#查看源

conda config --show-sources

#清除索引缓存，保证使用的是镜像站提供的索引

conda clean -i

3 安装软件包

#测试一下

conda search packagename

如果能正常显示，应该可以正常安装，安装软件包的命令可以去下面这个网站查看：

https://anaconda.org/anaconda/repo

如果安装的时候出现问题，可以试试指定channel安装软件包：

conda install $package_name --channel http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/linux-64