2022-08-26 OT1小鼠鉴定方法 的一个错误

大约在两年前拿到了OT1小鼠，根据Jakson小鼠鉴定方案，根据方案合成了4条引物。

小鼠基因型鉴定OT-1.jpg

刚开始只有OT1小鼠，数量不多，我就用的Takara（PrimeSTAR® Max DNA Polymerase，货号R045A）去跑的PCR，因为说明书中也提到要根据酶特性设置时间。我自己设置了PCR反应时间，如下：

STEP	TEMP ( ℃ )	TIME
1	94	5 min
2	94	45 s
3	65	1 min
4	68	1 min
5		repeat steps 2-4 for 10 cycles
6	94	45 s
7	60	1 min
8	72	1 min
9		repeate step2 6-8 for 28 cycles
10	72	10min
11	10	hold

按照这个条件我们跑出的条带是这样的：

image.png

野生型小鼠小条带（200bp，请忽略我们糟糕的DNA Marker），阳性鼠是有两条带。这个说明书中位置差不多。

image.png

我觉得细心的读者已经发现，为什么我的Transgene条带（300bp）要明显比Internal positive control条带要亮（200bp），对，你猜的不错，我的这几只是纯合子。我为啥这么肯定是纯合子，因为这几只小鼠拿到集萃药康做的净化，那边人告诉我的，因为他的后代小鼠都是阳性鼠

净化通俗点讲，是将确认病原体感染或者疑似感染的“脏脏鼠”传代获得不含特定病原体的子代鼠。从小的方面讲，净化是为了实验鼠品系的健康不受到威胁，保证后续实验不受病原体感染影响，从大方面讲，也是为动物屏障内其他品系的健康保驾护航。

参考资料：

知识 | 小鼠生物净化方式简介

让实验结果更稳定 更可靠：小鼠净化

后面我们陆续有很多loxp和cre小鼠来了以后，如果再用原来的takara试剂去做小鼠鉴定成本太高，换成了维赞的2×Taq Master Mix，Dye Plus（Vazyme P112-03）。

具体可以参考我之前写的帖子（条件性敲除小鼠--操作技能必知必会）[https://mp.weixin.qq.com/s/PROyL8vldrZLMZ5pjRXaHw]，这是最近一次做的鉴定结果

[图片上传失败...(image-713c86-1661502052771)]

鉴定LOXP小鼠效果很可以，但是到了OT1小鼠这里，感觉和以前的不大一样。

image.png

直到今天Yikara 问我，OT1小鼠PCR时间时候，我把方案再次打开后分，发现上面具体时间没有写，只写了需要根据酶的特性来调整PCR的时间。

应该是当时摸过一个条件，然后保存下来后，就再也没去想更改，换成维赞的试剂后，还是按照原来的条件跑PCR，所以结果总是很奇怪。

于是乎就有了这篇总结帖子，在实验时候，如果发现重复不出以前的结果时候，有必要回去打开说明书，重新把过程捋一遍，说不定会有新的发现。