生信零基础 Day3 by Sure栗子

在Linux系统安装软件

• 在这个没有浏览器的系统内安装软件，需要通过“中介”，今天学习的就是最常用的conda和miniconda的安装以及通过它来安装需要的软件

Bioconda商店的介绍

• 类似于应用商店，是Linux系统中最好用的下载器。日常生信的软件通过miniconda就可以搞定了，它是专门负责生信领域软件安装的

  
  
  conda系列软件的关系.png

在自己的Linux安装miniconda

• 先在conda官网找到下载链接，右键复制

  
  
  正在安装miniconda.png
  
  

  这里贴一下官网链接防止以后找不见

https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

• 正常登陆远程服务器的Linux
• 打开之前建好的biosoft文件夹
• 在这个文件夹内使用wget命令，然后空格再右键就把链接复制到Linux系统中了，点击回车即可（底板教材出自“生信星球”哦）
  
  安装过程.png

• 但是我的网速莫名的特别慢特别特别慢，后来甚至下降到1.24kb/s。。。

  
  
  网速太慢啦 妈个鸡.png

• 找了个清华的镜像，但是是anaconda的，试了下网速确实快，但是安装过程疯狂弹“y”，弹了20分钟也无果。。。只能求救大佬了

  
  
  换了镜像速度贼快啊.png

莫名其妙的疯狂yyyy.png

• 妈个鸡，我安装的是archive，根本就不是anaconda本身，而且就在这个网站就有mini的镜像链接，自己眼瞎看不见。。。经大佬指点（就是伸手白给了），用清华镜像嗖嗖的下了下来

  
  
  明明在这里啊灯下黑.png

• 千万记得激活，用这个命令 source ~/.bashrc

• 现在可以通过conda命令添加镜像链接了，代码复制如下(来自于生信星球)：

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

• 清华的镜像网址贴在这，以防万一找不见了，那上面有好多好东西，以后慢慢发掘。

https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/

• 之后就愉快的下软件吧 conda是软件也是命令，所以所有通过它执行的命令都要在前面输入conda

• 查看当前conda安装了哪些软件用conda list代码
  

  使用conda命令list.png

• 在商店里查找软件用conda search fastqc代码
  

  正在查找fastqc.png

• 通过conda安装用conda install fastqc=0.11.7 -y代码，其中0.11.7是版本号，-y是自动安装，注意“-y”前面一定要有空格
  

  正在安装fastqc成功版.png
  
  
  安装ing.png

• 卸载用conda remove fastqc -y代码
  

  卸载.png

今天的学习内容大致就结束了

明天还是要抽时间看看环境那些的，今天下载耽误太长时间了