2019-01-29 课题设计总结关于circ及micro

上游分子的查找

上游分子的思路，总体为以miRNA为桥梁，
由mRNA向上寻找能特异性调控的miRNA,可以用targetscan预测。
由最上游的Lnc或者circRNA向下预测miRNA,circRNA的网站为
https://circinteractome.nia.nih.gov/miRNA_Target_Sites/mirna_target_sites.html

例如

如果DDX11为促癌基因，向上游寻找miRNA时应该寻找tumor中低的miRNA,再上游的Lnc和circRNA则也应该高表达。总的来说miRNA与mRNA相互拮抗，Lnc和circ抑制miRNA。
先targetscan 找到mRNA上的miRNA
（可以通过GEO数据库查询，看他发了文章没有）文章中找lnc或者circ表达符合预期者，向下与预测，取其交集。
寻找microTCGA数据库，验证其生存，表达差异，确定其是否符合预期。

拓展：

在GEO数据库中，micro如果可以和一些临床信息相关，比如淋巴结转移，复发等会比较好。