【三维基因组】Hi-C call loops？-choose juicer ! 之 step3

【Juicer差异loop分析】HiCCUPSDiff

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HiCCUPS Diff 可以帮助你寻找差异loop
注意:
HiCCUPSDiff works by checking the loops called in each hic file on the other; it checks them by again calling HiCCUPS.

用法:

hiccupsdiff [-m matrixSize] [-k normalization (NONE/VC/VC_SQRT/KR)] [-c chromosome(s)] [-f fdr] [-p peak width] [-i window] [-t thresholds] [-d centroid distances]     

主要参数:

1. firstHicFile:第一个样本的.hic文件
2. secondHicFile：第二个样本的.hic文件
3. firstLoopList：第一个样本的merged_loops文件
4. secondLoopList:第二个样本的merged_loops文件
5. output directory: 输出结果目录 包含 differentialLoopList1, 包含那些只出现在样本1的looplist而不存在第二个文件的.hic文件中的那些loop， differentialLoopList2 与上同理

简单用法示例：

java  -jar  juicer_tools.1.7.5_linux_x64_jcuda.0.8.jar  hiccupsdiff  sam1.chr11.hic sam2.chr11.hic    sam1/chr11/merged_loops   sam2/chr11/merged_loops    /compare/chr11

结果目录文件：

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Juicer 寻找差异loop 就是这么简单！！！