数据上传（三）：蛋白质组学数据

数据上传需要知道的小知识

为什么上传数据？

1. 供审稿人检查数据与数据处理流程。

2. 与学术界共享，其他人得以再次利用数据进行深度挖掘或不同角度进行研究（你也可以下载并再利用别人的数据）。

3. 增加自己的引用率。

4. 给自己节省数据储存空间。

5. 督促研究者提供好数据！杜绝学术不端！

蛋白组上传什么数据？

1. 质谱原始数据，“只要是论文发表中用到的都上传”。

2. 搜库结果文件。

3. 其它表格。

4. 注释信息。

蛋白组学数据上传主流数据库有哪些？

       ProteomXchange数据联盟包含很多数据库，PRIDE和IProX都是其成员，中国学者推荐使用IProX储存数据。接下来我们以IProX数据库为例，介绍一下上传数据的方法。

01—登陆数据库

网址：https://www.iprox.org

       当然，这个网页有中文版本，（毕竟是国家蛋白质中心的网站，还是很友好的）。既然有中文版本，那我们话不多说，直接进入主题，第一步（常规操作，搞事情没有会员卡怎么能行），注册账号，登录。界面如下：

登录之后，点击：通过网页提交数据。

02—创建Project

Project Title：简述自己的项目

Key words：自己项目的关键词

Description：描述自己的项目（需要多于50个单词，论文都写好了，这些当然不在话下）

接下来Institution，leader什么的按照情况填写即可。后边这个Access Level也是按需填写，有立刻发布，也可以拟发布，这个影响不大。

填写完成后，点击Continue，如果有错误，都是简单的问题，根据提示修改即可。

03—项目细节填写

1. 物种信息：这个数据库收录了绝大部分的物种，点击灰色的框框会出现弹窗，弹窗让你选择的物种，如果常用物种没有，就需要点击弹窗里的CV terms search，输入物种拉丁文名搜索即可，本文以桃树为例，弹窗截图也附在后边。

2. MS instrument：质谱仪，可咨询做项目的公司，现在通常是QE的HF。

3. 带星号的必填项填写完成，即可点击Continue（需要先点击保存才能点击Continue，所以辛苦各位动动手指喽~）。

04—上传数据

        推荐使用Aspera上传（Aspera下载参照上篇微信推送文章--转录组数据上传），下边的两个选项，小编为了省事选择了partial submission（partial submission上传的数据只能用于储存和下载，小编感觉已经够用了）。然后点击Add file把需要用到的原始数据的文件录入网站。这里除了质谱的原始数据（一般以.RAW结尾，也有.wiff、.mzXML等等），还要上传搜库的结果，搜库结果文件可以向测序公司索取。原始数据的File Type选择Raw，搜库结果选择Search。

       点击Strat upload，浏览器会自动启动Aspera，出现下图弹窗。证明数据已经在上传。网速快的时候上载速率可以达到30Mbps，1G的raw data上传仅需3min（为IBM的大神点赞）。这里会碰到一个小问题：启动Aspera后需要填写一个账号密码，直接按照上面红色的提示填写“guests”即可。上传成功后在Data File会出现你已经上传成功的文件名称，如下图（如果没有可以刷新页面），然后Continue。

05—确认信息

       把刚刚上传数据的项目前边的框框打上勾勾，然后点击Submit即可。然后要等待的就是管理员的审核，一般3-5天会给答复。

       蛋白质组学上传的流程就是这样，欢迎各位同学转发收藏！