知识分享| 转录组个性化分析(5)——转录因子及转录因子结合位点预测

       转录因子也称反式作用因子，在动植物的生长发育及其对外界环境的反应中起着重要的调控作用，已成为现在生物学研究领域的热点，其功能分析是重要的研究内容之一。因此我们可以通过转录因子注释，或者可通过表达量聚类分析，筛选出关注生物学问题过程中起主要调控作用的一些转录因子。并且可以结合WGCNA鉴定的基因模块，筛选关键转录因子在基因模块中是否为hub gene，并通过预测转录因子的靶基因（MEME），筛选出基因模块中的靶基因，建立以转录因子为hub gene的调控网络。

       本篇文章给大家推荐2个网站，用于对动物、植物转录组因子（TF）、转录因子结合位点（TFBS）的预测。简单易学，任何你感兴趣的基因集，都可以用来预测 TF，也可以去预测它们的 TFBS。

       什么是TF、TFBS？ 转录因子（Transcription factor，TF）是在转录水平上参与基因表达调控的蛋白质。它们通过特异性的 DNA 结合结构域（DNA-binding domain，DBD）与 DNA 相互作用，根据 DBD 的结构特征可将转录因子分成不同的家族。与转录因子结合的 DNA 序列位点被称为转录因子结合位点（TFBS），TFBS 通常很短（6-20bp），并表现出一定的序列变异性。TFBS 的鉴定是理解转录调控的关键。

1-动物篇

       可使用数据库 AnimalTFDB(3.0)对动物转录因子进行分析，数据库链接如下：http://bioinfo.life.hust.edu.cn/AnimalTFDB/#!/

       进入后，根据需求点击工具栏对应的位置，进入分析页面。

1.1 TF预测

       点击导航栏的Predict TF按钮，即可打开TF预测页面。输入需要进行TF预测的蛋白序列文件（FASTA格式），点击submit，即可运行分析，分析结果可点击下载按钮进行下载。此处分析结果主要判断哪些基因可能是转录因子，整体运行时间较长。

1.2 TFBS预测

点击导航栏的Predict TFBS按钮，即可打开预测页面。输入需要进行TF预测的序列（基因序列，fasta格式）文件，点击submit，即可运行分析。运行结束后，右侧结果栏展示分析结果，可点击右下角Download下载结果。

2-植物篇

       可使用数据库 PlantTFDB(5.0)对植物转录因子进行分析，数据库链接如下：http://plantregmap.gao-lab.org/index.php

       进入页面后，根据需求点击工具栏对应的位置，进入需求页面。

2.1 TF预测

2.2 TFBS预测

       PlantTFDB 数据库功能相对更齐全，除了可以进行TF、TFBS预测外，还具有Regulation prediction、GO enrichment、TF enrichment等功能，大家可以进入对应页面进行在线分析。