plink计算近交系数

1.提取个体list

 bcftools query -l SNP.filtered.vcf > ind.txt

2.计算近交系数

# 不能有multiallel

bcftools view -M2 -v snps bsz_maf_filtered.vcf > zy-bi.vcf

# 染色体名称不能有字母

awk '{gsub(/gene/,""); print}' zy-bi.vcf >  zy1.vcf

awk '{gsub(/.fasta/,""); print}'  zy1.vcf>  zy_name.vcf

# 将vcf转换为ped、map格式

plink --vcf zy_name.vcf --recode --out snp --double-id --allow-extra-chr

# 计算杂交系数

plink --noweb --file snp --het --out 5 --allow-extra-chr

#计算ROH（连续性纯合片段(runs of homozygosity, ROH)）

plink --bfile bsz --homozyg --allow-extra-chr