学习小组-day3笔记-htt1996

一、 linux如何安装软件？

1. conda-“linux的应用商店”

2. 服务器下载conda-我们用它的精华版-miniconda

（1）查看服务器系统版本是多少位

bio07@VM-0-6-ubuntu:~/biosoft$ uname -a
Linux VM-0-6-ubuntu 4.15.0-118-generic #119-Ubuntu SMP Tue Sep 8 12:30:01 UTC 2020 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux

（2）清华大学开源软件镜像站 下载miniconda

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注意下载最新版本sh，sh是脚本（就是一个程序，后台的代码）文件的后缀，也就是说其实这是一个下载的脚本。

3. 安装和配置miniconda

## 安装miniconda
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ## 一路 yes 或 enter

安装成功

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激活软件

source ~/.bashrc ##  激活conda
conda  ## 出现信息为安装成功

添加镜像

## 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes 

4. 使用miniconda，也就是查看已安装的软件、安装、卸载（生信需要的）软件，我们以fastqc为例

(1) 查看当前服务器上安装的所有软件列表 conda list

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(2) 安装软件 fastqc
conda fastqc0.11.7 -y ##y是在安装过程中均回答yes

(3) 确认软件是否安装成功
fastqc --help ##调出帮助文档

(4) 卸载软件
conda remove fastqc -y

5. 不同的生信实战项目，需要定制conda的分身。

conda环境 需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”

(1) 查看当前环境

image.png

(2) 新建conda环境
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y ## 创建名为rnaseq的环境

# To activate this environment, use
conda activate rna-seq
# To deactivate an active environment, use
conda deactivate
conda info --envs ## 查看环境

control+c 终止命令
Mac用户cmd+c复制，cmd+v