【文献速递】-science齐发-人类胚胎发育单细胞基因表达及染色质开放图谱

文章一作Junyue Cao表示：“根据这些数据，我们可以直接生成人类组织中所有主要细胞类型的目录，包括这些细胞类型在组织中的基因表达如何变化。”研究人员利用sci-RNA-seq3的技术，在15种类型的胎儿组织中分析了基因表达。这项技术用三个DNA“条形码”的独特组合标记每个细胞，从而使研究人员无需物理分离即可跟踪细胞。研究人员就使用计算机算法来恢复单细胞信息，按类型和亚型对细胞进行聚类，并确定它们的发育轨迹。科学家们分析了超过400万个单细胞，并鉴定出77种主要细胞类型和大约650种细胞亚型。将人噢胚胎发育图谱与现有的小鼠胚胎发育图谱进行了比较。

染色质可及性图谱染色体可将DNA紧密包装在细胞核中，染色质可以对读取DNA中编码的遗传指令进行分子机器开放和封闭的指令，了解打开和关闭的DNA区域可以告诉科学家们细胞如何选择打开和关闭基因的。通讯作者Darren Cusanovich说：“研究染色质可以发现细胞的调节性‘语法’要求。开放或可访问的DNA富含某些“词语”，这些词语反过来又是细胞确定其需要某些基因的基础。”为了描述单个细胞中DNA的可及性，科学家们开发了sci-ATAC-seq3的新方法。像sci-RNA-seq3一样，这一方法也在每个细胞中使用三种不同的DNA“条形码”来标记和跟踪单个细胞。sci-ATAC-seq3并不是识别所有当前表达的序列，而是捕获并打开了染色质位点。在这项研究中，科学家在15个胎儿组织的约100万个位置上生成了近80万个单细胞染色质可及性概况。他们解析了哪些蛋白质可能与每个细胞中的可及DNA位点相互作用，以及这些相互作用如何影响细胞类型。