测序结果峰图分析&物种鉴定方法1.0

# ITS
ATCATTA| → → →
             ← ← ← GACCTCA|AATCA

# LSU
TAACAAGG|TCCCC → → → 
                    ← ← ← GAAGAAGCC|

笨办法,仅供参考,后续会有更新!!

  • ITS

ITS5(正向)ITS4(反向)序列较短,一般可不用进行序列反向互补和序列比对,若出现套峰则要进行序列反向互补和序列比对。

snapgene打开ab1文件,用记事本打开seq文件。

如下峰图,其碱基序列可直接使用

测序结果峰图分析&物种鉴定方法1.0_第1张图片

 如下峰图(双峰叠加),需人工读峰图

测序结果峰图分析&物种鉴定方法1.0_第2张图片

 如下峰图,其碱基序列直接舍弃

测序结果峰图分析&物种鉴定方法1.0_第3张图片

在看峰图的同时与如下序列进行比对,修改。

#在测序质量较好的情况下可直接用ITS5进行序列修改和blast。若要更为严谨,可使用ITS4和ITS5两者结合的方式进行比对(如下文中的LSU比对教程)。

测序结果峰图分析&物种鉴定方法1.0_第4张图片

 编辑测序所得原始碱基序列

# ITS
ATCATTA| → → →
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  • LSU

LR0R(正向)LR7(反向)序列较长,需要进行序列反向互补和序列比对。

snapgene打开ab1文件,用记事本打开seq文件。

如下峰图,其碱基序列可直接使用

测序结果峰图分析&物种鉴定方法1.0_第5张图片

如下峰图(双峰叠加),需人工读峰图

测序结果峰图分析&物种鉴定方法1.0_第6张图片

 如下峰图,其碱基序列直接舍弃

测序结果峰图分析&物种鉴定方法1.0_第7张图片

 在看峰图的同时与如下序列进行比对,修改。

测序结果峰图分析&物种鉴定方法1.0_第8张图片

LR7(反向)的ab1文件拖入chromas软件

测序结果峰图分析&物种鉴定方法1.0_第9张图片

 点击edit中的reverse+complement

测序结果峰图分析&物种鉴定方法1.0_第10张图片

 序列反向互补如下

测序结果峰图分析&物种鉴定方法1.0_第11张图片

复制上图(鼠标放在图中,ctrl+C),粘贴(ctrl+V)到LR0R所在的seq文件,入下图

测序结果峰图分析&物种鉴定方法1.0_第12张图片

删去反向互补序列间的空格,如下图

测序结果峰图分析&物种鉴定方法1.0_第13张图片

如下图,添加“>”,保存。

测序结果峰图分析&物种鉴定方法1.0_第14张图片

 把上述文件拖入到bioedit,如下图

测序结果峰图分析&物种鉴定方法1.0_第15张图片

出现下图界面

测序结果峰图分析&物种鉴定方法1.0_第16张图片

选择accessory application中的clustalw multiple alignment选项

测序结果峰图分析&物种鉴定方法1.0_第17张图片

点击run clustalw,再点击ok。

测序结果峰图分析&物种鉴定方法1.0_第18张图片

 出现如图界面,如图点击。

测序结果峰图分析&物种鉴定方法1.0_第19张图片

 根据上图用ctrl+F查找,将序列修剪拼接,如下图

测序结果峰图分析&物种鉴定方法1.0_第20张图片

 编辑测序所得原始碱基序列

# LSU
TAACAAGG|TCCCC → → → 
                    ← ← ← GAAGAAGCC|

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