从基因表达文件提取单个基因表达量

symbol.txt.png

library(limma)
gene="AXCC"              #基因名称，需修改
expFile="symbol.txt"     #表达输入文件
setwd("D:\\biowolf")     #设置工作目录

#读取表达输入文件
rt=read.table(expFile, header=T, sep="\t", check.names=F)
rt=as.matrix(rt)
rownames(rt)=rt[,1]
exp=rt[,2:ncol(rt)]
dimnames=list(rownames(exp),colnames(exp))
data=matrix(as.numeric(as.matrix(exp)),nrow=nrow(exp),dimnames=dimnames)
data=avereps(data)
#根据需求取log
#data=log2(data+1)
#提取目标基因表达量
data=data[gene,,drop=F]
###根据需求用rbind函数合并目标基因
###根据需求去除正常样本