跟着Cell学作图|12.韦恩图(Vennerable包)

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跟着Cell学作图|12.韦恩图(Vennerable包)

“实践是检验真理的唯一标准。”

“复现是学习生信的最好办法。”

2021.4.12_1

DOI: 10.1016/j.cell.2020.05.032

这篇2020年发表在cell上关于新冠的组学文章里面有大量的生信内容。今天带大家复现其中的一个Figure：Venn diagrams。

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韦恩图

维恩图（Venn diagram），或译Venn图、文氏图、温氏图、韦恩图，是在所谓的集合论或者类的理论数学分支中，在不太严格的意义下用以表示集合（或类）的一种草图。维恩图是科研文章中最常见的图形了，可以表示多个数据集之间的交互作用。

因为常用，所以有非常多的工具。如，

在线网站

• VENN DIAGRAMS（http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/）
• Venny2.1（https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html）
• BioVenn（http://www.biovenn.nl/）
• DeepVenn（http://www.deepvenn.com/）

常用R包

• VennDiagram
• ggvenn
• ggVennDiagram

等等。

大家根据需要，挑选自己喜欢的工具即可。本教程中，我将会使用Vennerable进行绘制。

绘制

值得注意的是本图中的圆圈大小与个数是成比例的，而不是等圆。

BiocManager::install("RBGL") #安装依赖包
install.packages("Vennerable", repos="http://R-Forge.R-project.org") #安装Vennerable包
library(Vennerable) #加载
data(StemCell) #使用内置的数据集
str(StemCell)
Vstem <- Venn(StemCell)
Vstem3<-Vstem[, c("OCT4", "SOX2", "NANOG")]
plot(Vstem3, doWeights = TRUE)

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导出pdf或svg格式图片，简单经过AI(Adobe Illustrator)加工后，出图。

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写在后面：

本系列重在复现，所以有些细节可能讲的不是很详细。大家有问题可以后台私信，或者在我的B站：木舟笔记进行互动！制作不易，希望大家点赞、在看！

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往期内容：

1. 跟着CELL学作图|1.火山图
2. 跟着Cell学作图 | 2.柱状图+误差棒+散点+差异显著性检验
3. 跟着 Cell 学作图 | 3.箱线图+散点+差异显著性检验
4. 跟着 Cell 学作图 | 4.小提琴图
5. 跟着Cell学作图 | 5.UMAP降维分析
6. 跟着Cell学作图 | 6.时间序列分析(Mfuzz包)
7. 跟着Cell学作图|7.富集分析(Metascape数据库)
8. 跟着Cell学作图|8.富集分析网络图(Cytoscape/ClueGO)
9. 跟着Cell学作图|9.PPI分析(GeNets数据库)
10. 跟着Cell学作图|10.复杂热图
11. 跟着Cell学作图| 11.Ingenuity Pathway Analysis(IPA)