2022-08-03 单细胞findmarker找到的基因居然vlnplot时发现上下调不一致？

做单细胞转录组的数据的时候很多时候都找了一个细胞类型之后，想知道这个细胞类型中case和control组上下调基因时怎么样的，做差异嘛，大部分都会做到，这里讲我犯得一个错误。
就是findmarker是下面这样做的

i='NK'
subobj <- subset([email protected],celltype2 %in% i)
scRNAsub <- subset(sample.integrated, cells=row.names(subobj))
dge.celltype <- FindMarkers(scRNAsub, ident.1 = 'case',ident.2 = 'control', 
                            group.by = 'group',logfc.threshold = 0.05,only.pos = F)

其实从代码上看，我找到的avg_loFC这一列>0就应该是case上调的，但是我用vlnplot去画某个上调基因的时候，发现它在case中的表达量是低于control的，所以从小提琴上看，该基因应该是下调的才对

纠正

犯这个错根本原因在于，findmarker和vlnplot的时候，此时assay的状态应该是RNA，不应该是integrated，所以更正

i='NK'
subobj <- subset([email protected],celltype2 %in% i)
scRNAsub <- subset(sample.integrated, cells=row.names(subobj))
DefaultAssay(scRNAsub) <- 'RNA'
dge.celltype <- FindMarkers(scRNAsub, ident.1 = 'case',ident.2 = 'control', 
                            group.by = 'group',logfc.threshold = 0.05,only.pos = F)

此时找到的差异基因数目不仅比上述的多，而且上下调和画出来的vlnplot就是一致的啦~
DefaultAssay(scRNAsub) <- 'RNA'
一定要切成RNA再去做别的