基因组结构注释软件列表

基因组结构注释主要包括三个方面：从头注释（de novo prediction）、同源注释（homology-based prediction）以及基于转录组数据注释（transcriptome-based prediction）。每一种方法都有自己的优缺点，所以最后需要对多个预测结果进行整合分析，从而获得完整的基因结构。除此之外，通过近源物种共线性比对，也可以对研究物种的基因组进行基因注释。

01. 从头注释

• Augustus （准确度较高）
• GeneMark-EX （准确度较高）
• FGENESH （收费）
• SNAP
• GlimmerHMM
• Genscan

02. 同源注释

• miniprot （准确度较高）
• Blat + GenomeThreader （准确度较高）
• Blat + GeneWise
• Exonerate

03. 基于转录组注释

• HISAT2 + StringTie + TransDecoder
• Hisat2 + Scallop + TransDecoder
• Trinity + PASA
• Portcullis
• PsiCLASS （多个转录组数据）

04. 基于基因组比对

• TOGA
• Comparative Augustus

05. 整合预测结果

• BRAKER + TSEBRA
• MAKER3
• BIND and MIND workflows
• EVidenceModeler（EVM）
• minos
• REAT

06. 构建Augustus训练模型

• 基于busco “-long”
• 基于AGAT
• abinitio_training
• https://github.com/galikbence/genome_annotation

07. 重复序列注释

• EDTA
• FasTE
• eirepeat
• 构建非模式物种重复序列库

参考链接

https://www.jianshu.com/p/931e9821c45a
https://github.com/harvardinformatics/GenomeAnnotation