基因类型

- 基因有三类：

第一类编码序列，编码蛋白【转录+翻译功能】；第二类只有转录没有翻译功能【tRNA+rRNA】；第三类不转录基因，调控基因表达【启动子、操纵子】

- 基因组：

单倍体细胞中包含编码序列和非编码序列的全部DNA【核基因组+线粒体基因组+叶绿体基因组】

- 狭义转录组：

mRNA，代表样本整体基因表达水平，一般称为“表达谱”【真正的表达谱是蛋白质组信息，研究手段是质谱】。通常用基因芯片、RNA-seq

- 广义转录组：

• 非编码ncRNA：有三类【按长度划分】
• 小于50nt的small RNA【长度单位：单链叫nt，双链叫bp】：miRNA、siRNA、piRNA【small RNA序列短，同源性高，一般采用二代测序检测】
• 50-500nt：rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA
• 大于500nt：mRNA-like ncRNA、不带polyA尾的ncRNA
• microRNA：也叫miRNAs，20-25nt，初级转录物-》核酸酶剪切加工-〉组装进RNA诱导的沉默复合体-》互补配对识别靶mRNA-〉根据互补程度不同指导沉默复合体降解靶mRNA或者阻遏mRNA翻译
• DNA、蛋白互作：Chromatin immuopre-cipitation, ChIP，主要应用于：DNA序列转录因子结合位点（Binding sites）识别 ，如启动子、增强子等顺式作用文件(Cis-acting element)的识别；DNA甲基化、组蛋白修饰、核小体定位
• DNA甲基化：甲基化DNA免疫共沉淀测序(Methylated DNA immunoprecipitation sequencing, MeDIP-seq)、甲基化DNA（蛋白）结合域测序(Methylated DNA binding domain sequencing, MBD-seq)和亚硫酸氢盐测序(Bisulfite sequencing, BS-seq)