日常 | 2022-04-27 | 读博之前应该知道的二十件事情

• 原文：
  Twenty things I wish I’d known when I started my PhD

• 公众号的翻译：
  Nature ：读博之前应该知道的二十件事情

感觉写的挺好，记录。

2022-05-11

人在什么情况下成长最快？ - 东坡夜奔的回答 - 知乎
https://www.zhihu.com/question/490344475/answer/2225966906

2022-05-28

学习什么？如何学习？

1. 理论

生物进化、生物地理学
群体遗传学、数量遗传学
植物学、植物分类学、植物生理学
分子生物学、细胞生物学、生物化学
林木育种学、森林遗传学
生态学

理论是重中之重，继承前人的积累，一定要非常精通才行。一切都是基于理论之上的。

2. 数学

微积分
线性代数
概率论与数理统计
生物统计学
机器学习

帮助理解软件算法、研究方法、实验设计与结果解读。

3. 动态

• 文献
  植物期刊：NP、MP、New Phyto、PC、PBJ、PJ、Hortic Res 等
  生物期刊：Cell、NB、NEE、MBE 等
  综合期刊：Nature、Science、NC 等
  软件方法：NM、NAR 等

• 院校
  中科院：北植、昆植、武汉植物园、华南植物园、版纳植物园、遗传发育所、基因组所、植生所 等
  农科院：深圳基因组所
  其他科学院：林科院 等
  农林类高校：中农、南农、山农、华农、南林、东林、西北农林、浙农林、福建农林 等
  其他高校：清北复交浙 等
  公司：华大、诺禾、基迪奥、百迈客 等

• 人物
  头衔：院士、杰青、优青
  系统发育：焦远年、孔宏智、郭亚龙、刘建全、王希胤、马红 等
  农业作物：朱健康、田志喜、黄三文、王二涛、张启发 等
  软件程序：高歌、张兴坦、陈程杰、沈伟、余光创、孙朋川 等

• 放眼国外
  各类高校、研究院所、领域大牛、科研动态

科研动态，涉及很多。是对书本上理论知识的扩充，可以了解到前沿的进展以及新的分析方法等。

4. 分析

• 组学分析
  基因组、三维基因组
  比较基因组、基因家族、
  转录组、非编码 RNA、单细胞转录组
  甲基化、蛋白组、代谢组、脂质组
  群体重测序、泛基因组

• 具体
  数据库
  各类软件的实操与掌握
  了解生物学原理与数学算法
  网络解读

• 暂不考虑
  宏基因组、数据库搭建 等

比较流程化的东西，但细节也非常多，不能忽视。联系理论和数学，相互贯通学习。不断地有各种各样新的研究方法和软件更新，也是一个不断学习的过程。

5. 代码

• Shell
  Linux 运维

• R
  R base 的熟练与掌握
  tidyverse 数据整理及可视化

• Python
  基础
  常用模块：os、sys、math、re、glob、collections、itertools、getopt、argparse、functools 等
  生物相关：BioPython
  数据计算与整理：Numpy、Pandas、SciPy
  可视化：Matplotlib、Seaborn、Plotnine、Pyecharts
  机器学习相关：scikit-learn、PyTorch

• Perl
  简单了解即可

• git

• 暂不考虑
  这些这些语言中较难的部分，如 R 包开发，Python Web 等
  其他语言，如 C/C++、java、html、go、julia、shiny、Rust 等

分析和代码难以分割。代码帮助分析前和分析后的数据整理，帮助实现分析的流程化和分析结果的呈现。各种各样的分析，也必然要提高代码水平来呈现各种各样的分析结果，比如各种 R 包的学习。

6. 文章写作

• 看文章时要注意
  文章逻辑
  结果表述

• 学习英语
  口语听力
  专业英语

不只是为了文章的写作，也是为了能登上更高的平台，具有与人交流的能力。

2022-05-29

“进化论是生物学中最大的统一理论，生命科学各个层次的研究以及各分支学科体系的建立无不以生物进化的理论为其指导思想，同时它又吸收与综合生物学各学科的研究成果”。
我的专业是生命科学下的一个小分支，林木遗传育种，学了快两年了，我发现我一直不了解这个学科，不了解这个学科的体系、指导思想以及在生命科学这么多学科所组成的网络中所占据的位置。所以，我一直试图建立自己的知识框架，不是育种的框架，是更为宏观的生命科学的框架，其中的核心就是进化。
三十多亿年前生命出现，生物在与环境的“协进化”过程中，经历了无数次种群扩张，物种形成，大灭绝......形成了现在的生命结构。在这个过程中，新的基因，新的功能不断出现，生命也从单细胞到多细胞，水生到陆生，无花到有花......
我的所谓的知识框架，就是生命进化的历史过程，不同的层面和角度去观察就是各个学科（大致就是宏观上群体、表型，微观上生理、分子......）。
这些东西都有什么用呢？是为了保护自然吗？当然不是，最终都是服务于人。林木遗传育种就是对进化理论的应用，人工选择代替自然选择。
以上不能代表我对整个生命科学有了多深的了解，知识的骨骼有了，就要不断丰富其组织、器官、血肉。

我为什么要去想这些东西？我与很多人有不同的见解看法，以及不同的学习方法。我认为这些思考是迫在眉睫的事情，但对下一步计划的实际意义可能不大。我的很大问题是，我在这上面花了太长的时间，而且过于浮躁、好高骛远、急于求成。没有脚踏实地做好当下具体的工作，我应该权衡并行动。

2022-05-30

常翻书，常翻常新。
同时在看两本《生物进化》，一本是 Douglas J. Futuyma 著，葛颂、顾红雅等人主译的，另一本是张昀所著。有很大的不同，对比翻看。最近也在看樊龙江《植物基因组学》和《生物信息学》两本书中的群体遗传学部分，配合徐刚标的《植物群体遗传学》和群体重测序分析视频教程，还是稀里糊涂的状态。
一遍过去肯定是不行的，还要配合文献等，一遍又一遍地看。

2022-06-01

代码部分，例如 R 和 Python 的数据整理和可视化，除了通过看书/官网教程，有一个总体的框架之外，还要多看别人的博文（公众号、、知乎 等平台，记得看看自己的关注和收藏，也可以直接去搜）。即使是简单的代码，自己不会或者不熟练，要敲一敲，看看命令的各个参数的意义。也可以记记笔记，比如不同图形的 Python 代码。
不可能只看一次就完全学会，放松心态，这很正常，熟能生巧。

2022-06-02

以上有长远的学习任务，是总体式的学习。也不能排斥和逃避日常的工作，要在日常的工作中学习，这个过程也会在各个层面帮助实现长远的学习任务。

2022-06-08

我的文献分类

1. 进化

• 群体 | 作物驯化、物种进化
• 基因组 | 加倍、二倍化、重复序列（着丝粒）、转座子
• 基因 | 新功能化、亚功能化、假基因......
• 形态 | 草木本、叶/花形、互/对生、花序、叶夹角、C3/C4

2. 生命

• 生殖发育 | 生长（起始/伸长）、器官发育（侧根/果实成熟）、无性生殖（扦插/嫁接/...）、雌/雄性不育
• 生物节律 | 季节、昼夜（光周期）、年龄（复幼/长寿/衰老）、光合
• 共生互作 | 菌根、叶际微生物
• 其他 | 细胞周期、分化脱分化

3. 功能

• 表型 | 叶/花色、叶/花香、木材、株高、生长量
• 代谢 | 植物激素、药用成分（酚/碱/多糖/...）、色素（花青素/叶绿素/...）、木质素、表皮蜡

4. 胁迫

• 生物 | 病原菌
• 非生物 | 高盐、干旱、水淹、高温、冷冻、光强、紫外
• 胁迫响应 | 感知、信号传递、转录、转录处理、翻译和翻译后蛋白质修饰

5. 手段

分析策略（各种组学）、技术、工具

看过的文献很少，需要加紧，如何过脑子地看呢？看不同类型文献时要思考把它们放在知识框架的哪个位置。知识储备严重不足，需要归纳性总结性地看。能否想出一个相关领域的科学问题是基于对该领域的一定认识之上的。时刻不能忘进化！进化！进化！生物的一切，都是进化而来的。