已知矩阵，制作RNA_motif的logo

这是一个很简单的诉求，可以用的方法有很多，今天谈一下MotifStack.
介绍链接：MotifStack
先弄清楚，motif的矩阵格式。

DNA motif

矩阵数据

大家应该看明白了，motif的矩阵格式为：横轴为对应碱基位置，纵轴为ACGT的概率。

故所有其他格式的矩阵，都要换为这个格式。

我用的代码如下:

##将原文件行列互换另存为ipt.txt
rm(list=ls())
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("motifStack")

suppressPackageStartupMessages(library(motifStack))
a <- read.table("~/Documents/R/motif/ipt.txt", sep="")  #读取矩阵
rownames(a) <- c("A","C","G","T") #插入rowname
motif2 <- new("pcm", mat=as.matrix(a), name="ybx1-d")
plot(motif2)
rna <- a
rownames(rna)[4] <- "U" #将DNA的T变成RNA的U。
motif3 <- new("pcm", mat=as.matrix(rna), name="ybx1")
plot(motif3)

相当简单。其他方法也能画logo，但是rna-logo，用这个比较容易实现。