1122生信技能树 致敬卖萌哥
016 创建独立环境
Conda想要安装软件，需要经过安装Conda、conda添加频道、conda创建独立的环境（所有装在base里的包在整个小环境都能使用，为避免占内存避免串用方便管理，所以建议设置独立的环境），最后才是软件安装
环境创建部分主要包括：
conda create -n rnaseq（创建名为rnaseq的小环境）
conda activate rnaseq (启动名为rnaseq的小环境)
conda deactivate(退出这个小环境)
conda env list或 conda info --env（用于查看存在的小环境）----对于环境的启动与退出可以观察命令提示符的首个字符，看看是否是环境名，若是，则表明环境启动；若不是，则表明退出环境。
conda remove-n rnaseq --all（删除已创建的小环境及安装的包.这个删除不用rm，用remove）
conda create -n Python2 利用conda创建一个名为Python2的环境
conda create -n Py2 --clonePython2 创建一个名为Py2的环境替代Python2（克隆--复制内部东西但是可以更改名字）
conda remove -n Py2 -all利用conda删除一个名为Py2的环境（先克隆，再删，方能完成重命名）
017 如何安装软件
首先你得装什么软件（可以参考师兄师姐以及发表文章装的啥）
如转录组常用软件（质量控制fastqc multiqc等 比对定量 bwa hista2等 无参组装Trinity等 等）
哪些软件可以用conda装呢？ （三种查询方法 法1：anaconda与bioconda网站查询法2：conda search *** 服务器或者终端上装（比较慢） 3.百度搜索---关键词+conda ）
注意光标变成全绿才表明可以输入（别傻傻的在这上面浪费时间）
cat ~/.condarc（查看conda频道）注意默认里频道设置为清华镜像，这样快（不是在国外）
如何去除默认设置呢？vim ~/.condarc （删除的目的是让其不去默认里照）
安装方式可以查询相应网站。conda install -e bioconda fastqc(用第三百度的方式搜索不好搜，用bioconda与anaconda的网址吧。 https://bioconda.github.io/ https://anaconda.org/search（利用anaconda的网页去找会更方便些）)
注意安装软件一定要在自身相应的小环境中安装。（方便管理与不占资源），运行项目最好也在相应小环境
总结----关于软件安装
去哪装（三个方法：主要用卖萌哥老师提供的anaconda search网址去搜，比较方便）
安装在哪（安装在相应项目的小环境中）
安装软件过程：
[if !supportLists]1. [endif]看看有哪些可以安装的版本conda search fastqc
[if !supportLists]2. [endif]安装指定版本的软件conda install fastqc=0.11.7
[if !supportLists]3. [endif]添加-y参数跳过确认步骤（即我确信我装） conda install -y fastqc=0.11.7
查看安装了啥软件
[if !supportLists]1. [endif]conda list
[if !supportLists]2. [endif]查看复合正则表达式的软件conda list fastqc*
[if !supportLists]3. [endif]查看指定环境的软件conda list -n rnaseq（查看列表软件在名为rnaseq的环境里）
删除安装的软件
[if !supportLists]1. [endif]conda remove fastqc
[if !supportLists]2. [endif]Conda remove -n rnaseq fastqc (删除名为rnaseq环境下的fastqc，加了-y参数的话可以直接删除)
升级软件
[if !supportLists]1. [endif]conda update fastqc
[if !supportLists]2. [endif]conda update conda （升级conda本身，只要不影响使用，建议先不用升级，4.8之前可以升级，因为4.8之后conda有一些改变）
[if !supportLists]3. [endif]conda install python=2.7 （指定降级为旧版本，有趣）
018 conda安装报错解决（卖萌哥老师真的贴心）
[if !supportLists]1. [endif]htp000网络问题
[if !supportLists]2. [endif]conda小环境不用额外添加channel，默认设置的所有小环境都能用。但是可以进行小环境的个性化设置，不同小环境利用不同的channel。
[if !supportLists]3. [endif]怎么删除频道，方法有二
法-：先查看频道 cat ~/.condarcvim ~/.condarc(删除（家目录下的点condarc文件，点代表隐藏文件-注意）启动，启动之后需要利用光标选定需要删除的频道，同时按两下d进行删除)，输入wd退出。
法二：直接删除整个频道，然后一个一个加进去
[if !supportLists]4. [endif]在小环境安装的软件只能用于小环境，退出小环境便不能使用了。可以在小环境里加小环境。
[if !supportLists]5. [endif]利用conda要激活conda,退出要conda deactivate ，进入小环境
[if !supportLists]6. [endif]调用Xmaneger不行
[if !supportLists]7. [endif]Pip（影像组学的软件安装）报错可能式版本问题；mamba安装之后可以加快conda的运行
019 conda的进阶技巧
mamba的使用
版本控制和迁移
本地安装
一些零散的奇怪知识
用mamba软件安装丝般顺滑（它并没有把conda完全重新写了一遍，而是重构了一些过程，比如安装过程，其能更好的处理系统与软件的环境配置问题以及下载速度问题），并且增加了一些功能。）
安装mamba（基于mamba的优秀属性，安装于base可以适用于所有小环境，并且老师已明确说不影响运行----装在base的包如果不明确是否有不良影响，不能安装该包在base之下）
在base下安装mamba：首先得激活base环境: conda activate base
接着利用conda安装mamba：conda install mamba
除启动环境外（conda activate rnaseq），所有conda命令都可以用mamba来代替。***
安装软件：mamba install fastqc (注意mamba可以多线程安装软件)
搜索软件：mamba search fastqc
Mamba repoquery search fastqc 这个速度更快。
mamba进阶小技巧
mamba可以很方便的查看安装的软件之间的依赖关系
我依赖谁：mamba repoquery depends -t samtools
谁依赖我：mamba repoquery whoneeds -t python(-t代表以树状的形式呈现出来)
版本控制与迁移
解决两个问题：
[if !supportLists]1. [endif]发文章时提供版本号
[if !supportLists]2. [endif]更换服务器，分享的时候保持软件版本不变
方法1：用conda list的export功能
基本用法conda list （查看当前环境所安装的软件）
进阶用法：
导出环境中安装的包的列表
conda list -n rnaseq --export > conda_rnaseq_list.txt（写txt的原因时因为容易在其他地方打开, > 输出到txt文件中）
软件名=版本号=build
安装导出的信息
conda create -n rna -file conda_rnaseq_list.txt
方法二：用conda env的export功能导出
导出想要的环境conda env export -n rnaseq > rnaseq.yml
根据导出的yml文件创造环境conda env create -f rnaseq.yml
根据导出的yml文件更新环境conda env update -f rnaseq.yml
yml文件提供的信息更全面。
本地安装：适用于1.网络实在不行的朋友 2.不联外网的大型超算平台
偷懒小技巧：巧用alias（别名）,写个备忘录，这种技巧后期一定要常用，但前期一定要多敲键盘形成肌肉记忆。警告~/.bashrc文件非常重要，最好把~/.bashrc先备份一份。
嫌弃每次输入：conda activate rnaseq 太麻烦？
先备份一下~/.bashrc cp ~/.bashrc ~/.bashrc
在~/.bashrc中写入
echo “alias rna =’conda activate rnaseq’ ”>> ~/.bashrc
echo “alias deact=’conda deactivate rnaseq’ ”>> ~/.bashrc
重新加载以下~./bashrc
source ~/.bashrc
清除掉下载了但是没有用的包
conda clean -i （由清华镜像转北外镜像）删除之前的环境参数 tip：更换镜像的时候记得先运行这条。
conda clean -p 虽然读写了但是没安装的隐藏包会被清掉，包括软链接的包也会被清除
conda clean -t
conda clean -a
如何用conda将软件安装到指定位置？
先创建biosoft文件夹
mkdir biosoft
在里面创建一个samtools文件夹
cd biosoft
mkdir sametools
适用-p参数指定安装位置(-p指定的位置为绝对路径)
Conda install -p ~/biosoft/samtools samtools
如何按照位置启动小环境
直接指定到安装的位置即可
Conda env list （先看看小环境分别在什么位置）
Conda activate 小环境对应的位置（复制粘贴即可）
为特殊环境设置特殊频道（我这个环境只想用这个频道。）
conda config --env --add channels genomedk
conda -V（查看conda版本号）
进入rnaseq小环境，conda config --env --add genomedk（设置其小环境）
cat ~/.condarc(查看频道-镜像)
conda config --show channels (多了一个default默认频道-genomedk)
conda deactivate（但是退出之后，再show就没有了）
condaconfig --show channels （没有是默认使用这个频道了吗，思考下？）
020报错大赏
[if !supportLists]1. [endif]网络问题：htp000（网络不稳定或者没有联网）
解决方案：1.确保网络链接 2.多运行几次 3.删掉~/.bashrc里的default频道 4.使用mamba（mamba是真的秀，网络联网都可以）
[if !supportLists]2. [endif]一致再Solving environment（一直转转，然后后期显示failed）？
一个奇怪的解决方法：把镜像的https换成http
[if !supportLists]3. [endif]未下载完全特征是从开始安装到选择安装位置一切正常，但是到开始安装之后报错
解决方案：重新下载一个完整的安装包即可。md5sum mismatch
[if !supportLists]4. [endif]mamba只不过是重构了conda一部分的功能，下载主要取决于服务器，用的流量与网速其实是非常低的，他们是通过指令的方式去发挥作用。
[if !supportLists]5. [endif]为什么不用soure加载miniconda3影响也不大。其实一开始应该都会加载的
[if !supportLists]6. [endif]conda安装或者软件安装时，一定要按照命令的顺序进行，否则大概率会出错的，因为系统/服务器是按命令执行的。
[if !supportLists]7. [endif]本地下载可能存在套娃的情况，因为可能存在让你下完a，然后下载bcd等的情况。
[if !supportLists]8. [endif]质量控制中，fastqc:查看质量，不对不好的数据进行过滤，相当于一个report
[if !supportLists]9. [endif]Multiqc：一个文件会生成一个fastqc的结果，100个文件则会生成100个，multiqc可以把fastqc文件整合到一个文件中去，方便查看
[if !supportLists]10. [endif]fastp、trimomatic、cutadapt、trim_galore主要发挥过滤低质量的序列与剪掉接头，卖萌哥一般用Fastp，那是国内大佬用C语言写的，运行速度快，trimomatic需要手工加上接头，而fastp比较智能，无需手动添加，对新手比较友好。cutadapt直接切接头的，trim_galore貌似能够调用fastp与trimomatic。
[if !supportLists]11. [endif]比较定量中，主要用bowtie与bowtie2 STAR是用于比对的，比较消耗内存。无参转录组：trinity。 比对没有一个金标准，其是否需要考虑有无可变剪接以及是否需要其分开比对。最好是从自身感兴趣的文献学习人家用什么软件，并可以自己多比对一下软件用法。TPM与FPKM（利用RSEM直接指定，然后就可以得到TPM与FPKM，不需要自身写脚本，13年写的，并且不断在更新。）conda可以安装GCC，conda可以直接安装GCC.
[if !supportLists]12. [endif]Docker比较好用于迁移和组装