Genetic correaltion 中出现NA值的问题

问题描述

在计算两个trait之间的genetic correaltion 的时候，如果是用ldsc的脚本计算的话，有很大情况会出现NA值，一开始也很疑惑，后来搜集了一些资料，对该情况进行了解释。

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理解

（1）出现NA的情况，第一种情况是，两种traits，一种或者两种的trait的遗传力太低，导致在计算两个trait之间的方差，基于方差计算rg的时候，出现NA的现象

（2） 第二种情况是h2的SE太高。解决方法，可以检查与基线LD评分重叠的SNPs数量是否足够高(整个基因组至少需要200k SNPs，这个可以直接在log文件中查看，如果不够200k的SNP，程序会warning，check一下是否有这个警告)。但是如果重叠是高,还是这样一个低h2,你可以试着重新计算LD分数使用千人基因组3期的基线LDSC提供的注释生成一组新的基线和只使用单核苷酸多态性数据计算相应的文件。这可能有助于稍微提高功率。如果这不起作用，那么很可能是你的GWAS没有足够的power。