linux怎么查看一个bam文件,Linux常规操作笔记

前言

这个教程源于曾健明，题库地址为其博客。所使用的Linux系统是曾健明的服务器，服务器信息如下：

/usr/local/bin/miniconda3/bin路径下面安装了生物信息学软件，可以使用全路径调用它们，或者添加该目录到环境变量。

两个练手数据：

2.1 转录组数据：/public/study/mRNAseq/tair/的转录组的测试数据，具体教程可以看其博客：http://www.bio-info-trainee.com/2809.html，可以用ls

-lh --color=auto

/public/study/mRNAseq/tair/命令查看，然后所有的处理，在自己的目录处理，不需要拷贝那些数据.2.2 找变异：/public/study/variant-calling/tair。

基础知识

基础知识

文件目录操作

查看当前目录pwd

系统管理

1.查看当前登录用户w

2.查看命令历史l~/.bash_historyBash

shell在“~/.bash_history”(“~/”表示用户目录)文件中保存了500条使用过的命令，这样可以使你输入使用过的长命令变得容易。每个在系统中拥有账号的用户在他的目录下都有一个“.bash_history”文件。

用户权限

文本操作

题库测试

1.

在任意文件夹下面创建形如 1/2/3/4/5/6/7/8/9

格式的文件夹系列。

mkdir

-p 1/2/3/4/5/6/7/8/9mkdir是建立文件夹命名，添加-p参数可以直接创建多级文件夹，如下所示：

2.在创建好的文件夹下面，比如我的是

/Users/jimmy/tmp/1/2/3/4/5/6/7/8/9 ，里面创建文本文件

me.txt

先切换到/1/2/3/4/5/6/7/8/9，直接输入cd，然后不停地按Tab键，就会进入下一层文件夹。touch

me.txt创建txt文件。

3.在文本文件

me.txt 里面输入内容:Go to:

http://www.biotrainee.com/I love

bioinfomatics.And you ?

输入vim

me.txt，输入上述文字，然后按Esc键，输入wp退出。

4.

删除上面创建的文件夹 1/2/3/4/5/6/7/8/9 及文本文件

me.txt

rm -rf

*

5.

在任意文件夹下面创建 folder1~5这5个文件夹，然后每个文件夹下面继续创建

folder1~5这5个文件夹，效果如下：

mkdir

-p

folder_{1..5}/folder_{1..5}如下所示：

6.

在第五题创建的