在线作图|在线做有/无生物学重复的差异分析

有/无生物学重复的差异分析

差异分析在转录组分析中运用广泛，它是计算两组间差异表达的基因的分析，常包含差异表达水平分析、重复相关性评估、差异表达基因聚类分析等等。一般定义基因表达量差异倍数＞2、并且P值（或Q值）小于0.05为显著差异表达的基因具有统计学意义。TUTUCLOUD网站提供在线进行差异分析的工具，实现差异分析的多样可视化。

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TUTU云工具使用

云图图可以画，操作步骤如下：
①登录网址：https://www.cloudtutu.com/#/index（推荐使用360或者谷歌浏览器）
②输入用户名和密码（已经为大家填好了），输入验证码后即可登录，无需注册，直接使用，不必担心隐私泄露，是不是诚意满满~
③登录后在工具一栏（全部分析）里找到有/无生物学重复的差异分析，点击进入；
④请按照界面右侧的说明书或者下文进行操作。

Step 1：上传数据

※目前平台仅支持.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件的文件上传。(平台可对不规范的数据格式进行部分处理，但还是请您尽量按照示例数据的格式调整数据，以便机器可以识别)
a)准备一个数据矩阵（形式参照示例数据，如微生物物种丰度表、基因表达量矩阵、代谢物含量表等）；
b)表格需要带表头和列名，每一列为样本名，每一行为各种指标数据名，例如OTU，基因ID、代谢物名称等。
c)请提交txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件。操作方法为：全选excel中的所有内容（ctrl+A），复制到记事本中，将记事本文件另存后点击“上传”按钮上传该文件。

以下仅作格式参考

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※传完文件后一定要填写说明书下方的分组信息！否则无法绘图。

Step 2：调整参数

2.1 在界面右侧编辑分组信息：需要对所有样品进行分组，本网站支持在线修改分组名称的功能。有在线输入(方式一)和手动粘贴(方式二)两种方式。(绘图前必须检查分组名称)

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（无生物学重复的差异分析无需设置分组）
2.2 p值大小：按需求自行选择
2.3 FC值：按需求自行选择

Step 3：下载文件

点击“运行”开始作图，出图后可点击左右切换键依次查看图片。点击“下载”保存结果文件。其中的PDF格式的文件可通过矢量图编辑工具进行编辑。

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Step 4：作图后处理

TUTU云平台提供的PDF格式的矢量图，可通过矢量图处理软件（Inkscape或AI）进行编辑和调整（如：文字字体，文字大小，图片分辨率等）。