安装TAPIS心得

 第一篇随笔，献给我第一次成功安装软件~~撒花（遇到了非常多愚蠢又窒息的问题，必须记录一下）

 在网上找不到太多TAPIS教程，没有简单下载的方法，那就去TAPIS官网上下载到本地，使用XFTP拖到服务器上。参考官网TAPIS.pdf的教程，需要如下几步进行安装：

$ tar zxvf tapis_.tgz

$ cd tapis_.tgz

$ python setup.py install

 然后就遇到了很多报错，模块找不到：

ImportError: No module named 'SpliceGrapher'

 再回去老老实实按说明书下载那几个模块：

• SpliceGrapher (v0.2.4 )
• Pysam (v0.8.1)
• matplotlib (v1.3.1)
• bx-python (v0.5.0)
• NumPy (v1.8.2)
• GMAP (2016-04-01) note: version 2015-07-23 is incompatible

 我瞅着这要下载的模块也太多了吧，一个个本地下载就太花时间了。厉害的师姐建议我用anaconda下载。之前有热心的同学在我的路径下帮我下好了anaconda3，于是我就照着生信技能树的方法试着开始下载模块，但是报错。这次报错距离我写太久远了，找不到报错信息了。我再次向师姐咨询，师姐说这些模块要在python2的环境下，我的anaconda3的环境是python3，建议我下载一个python2。但我不管用anaconda3 install还是update等命令，错误都如下：

微信图片_20190506193409.png

 我把这个报错输入到百度里查，发现有两种解决方法：

• 在.condarc里面将非清华镜像的URL删掉
• 检查服务器代理是不是有问题
   这两种我都试过了都不行，网上也查不到其他的方法。我问了问同学，同学给了我致命一击：你联网了吗？
   我：？？？？黑人问号
   我以为是连上的，结果用如下命令检查发现自己服务器没联网（我们实验室的服务器是不联网的）

ping www.baidu.com

 还好之前热心的同学还帮我搞定了连网问题，我使用这个命令就可以重新连接上：

sudo vpn-connect -r

 连上以后我继续work，发现特别特别慢，师姐路过我，继续给我建议，现在清华镜像不是挂了吗，下载不太方便，那你小环境不好下载的话，你可以下载anaconda2，换个大环境。
 看了生信技能树的朋友应该知道，jimmy建议的是下载轻量的miniconda，我就按他的操作来啦~
 接下来的进度就很快，除了SpliceGrapher其余的模块都可以用conda下好。
 因此SpliceGrapher得通过本地下载的方式，其中它还需要PyML，这个的下载方式看超链接，很详细。
 模块都下好了以后，就继续build了。

(rna) [liul@localhost comp_bio-tapis-44cc05ebc78c]$ python setup.py build
Checking for dependencies...
package "SpliceGrapher" found (version 0.2.7)
package "numpy" found (version 1.8.2)
package "matplotlib" found (version 1.3.1)
package "pysam" found (version 0.6)
running build
running build_py
creating build
error: could not create 'build': Permission denied

 看到Permission denied我就以为是权限不够，在命令前加sudo，结果提示我部分packages没有。

package "SpliceGrapher" found (version 0.2.7)
        Required package `numpy` not found
        Required package `matplotlib` not found
package "pysam" found (version 0.10.0)
Missing dependencies--terminating installation

 真的是心态崩了。又双双抓住路过的师姐帮忙看看，师姐也折腾了很久，觉得哪里都没问题，为啥不行嘞。后来终于发现，是我不知怎么回事一开始把TAPIS压缩包拖进服务器时用的是root账户，所以后来我用自己的账户进行操作时就权限不够。

drwxr-xr-x.  5 root root             4096 Jul 19  2017 comp_bio-tapis-44cc05ebc78c
-rw-r--r--.  1 liul labmember        1405 Mar 28 15:48 fastalength.py

 解决方法是删掉这个文件夹，重新用我的账户拖一个进去，重复操作，就好啦！
 装好了的验证方法：

(rna) [liul@localhost comp_bio-tapis-44cc05ebc78c]$ alignPacBio.py
usage: alignPacBio.py [-h] [-v] [-i ITERATIONS] [-e EDR] [-o OUTDIR]
                      [-p PROCS] [-K MAXINTRON]
                      indexesDir indexName reference fasta
alignPacBio.py: error: too few arguments

 终于大功告成，踏出了艰难的第一步！这篇心得几乎没有干货，都是别人不会遇到的奇怪问题，希望会对也遇到奇怪问题的朋友有所帮助~
 师姐真是帮助太大啦！如此厉害又热心的师姐，文末彩虹屁预定惹~