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bam文件读取_sam和bam文件处理

samtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以下是常用命令的介绍：

sambamba是一个比samtools更强大的操作sam和bam的工具，绝大部分samtools能用的功能sambamba都能用，而且速度和资源占用上都有很大的优化，所以后期用samtools的时候都可以替换成sambamba。

1. view

view命令的主要功能是：将sam文件转换成bam文件；然后对bam文件进行各种操作，比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作 是对bam文件进行的，因而当输入为sam文件的时候，不能进行该操作)；最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式。

bam文件优点：bam文件为二进制文件，占用的磁盘空间比sam文本文件小；利用bam二进制文件的运算速度快。

将sam文件转换成bam文件

$ samtools view -bS abc.sam > abc.bam

$ samtools view -b -S abc.sam -o abc.bam

提取比对到参考序列上的比对结果

$ samtools view -bF 4 abc.bam > abc.F.bam

提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果，只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可

$ samtools view -bF 12 abc.bam > abc.F12.bam

提取没有比对到参考序列上的比对结果

$ samtools view -bf 4 abc.bam > abc.f.bam

提取bam文件中比对到caffold1上的比对结果，并保存到sam文件格

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