2019-08-20

• 安装软件：conda install 软件名
• 命令成功获取帮助文档:通常可以用-h、--help，直接命令（查看参数含义）
• 提交代码：可以学习如何后台提交。以及1> 2>生成log
• 查看任务：提交错了，那么终止任务
• 查看结果：查看日志
  Eg:
  1.conda install -y sra-tools
  2.prefetch --help
  3.prefetch SRR1039510 -O ~
  4.ps -ef|grep usrname（top -c）
  5.kill 任务ID-数字 或者kill -9 数字ID
  cp /teach/rna_testdata/software/ibm-aspera-connect-3.8.1.161274-linux-g2.12-64.tar.gz ~
  fastq-dump --gzip --split-3 -O ~ ~/project/1.rna/1.sra_data/SRR1039511.sra
  seq 10|while read iddddd;do echo gene$iddddd;echo ok;done
  fastqc -t 2 -o ~
  /teach/rna_testdata/project/1.rna/3.raw_fq_25000reads/SRR1039510_1_100000.rawfq.gz
  fastqc -t 2 -o ~ /teach/rna_testdata/project/1.rna/3.raw_fq_25000reads/SRR103951*.rawfq.gz
  hisat2 -p 1 -x /teach/rna_testdata/database/index/hisat/hg38/genome -1 /teach/rna_testdata/project/1.rna/4.clean_data_25000reads/SRR1039510_1_val_1.100000.fq.gz -2 /teach/rna_testdata/project/1.rna/4.clean_data_25000reads/SRR1039510_2_val_2.100000.fq.gz | samtools sort -@ 1 -o ~/SRR1039510.sort.bam -
  samtools view -h SRR1039510.sort.bam|less -S
  
  image.png
  
  /teach/rna_testdata/database/gtf/gencode.v29.annotation.gtf.gz
  chr1:117,405,546-117,405,644

总结，课堂上运行了这些命令，部分命令运行中有报错，如差找不到这个资料，实现不了这个命令，要继续检查命令是否有写错，有些包是不是安装失败，为什么！