海岛眠
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SnpEff--有参考基因组--SNP注释--找非同义突变

一、使用到的软件：SnpEff
下载命令:wget http://sourceforge.net/projects/snpeff/files/snpEff_latest_core.zip
解压后即可使用：unzip snpEff_latest_core.zip

二、使用到的文件：genome.fasat & gene.gff3 & vcf
创建文件夹:mkdir snapeff/data/XXX (XXX为参考基因组版本名)
跳转目录：cd XXX
修改名字：将基因组数据改名为sequences.fa，将注释文件改名为genes.gff.gz。
修改配置文件：cd .. ，然后$ vi snpEffect.config，添加：

 #ZZZ genome, version XXX
  XXX.genome : ZZZ （其中ZZZ为物种名）

待注释SNP保存为vcf文件

三、建库

   $ cd snpeff
   $ java -jar snpEff.jar build -gff3 -v XXX

四、注释

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