TCGA数据库下载正常样本

最近因为一些需求在研究TCGA数据库。关于TCGA数据库数据下载，随便搜搜就有很多文章，方法多样，可以通过R包也可以通过TCGA提供的官方下载器gdc-client。但是下载数据的时候，我突然发现，诶，怎么下载正常样本？本文介绍如何在数据库中搜索正常样本。

首先打开TCGA官网，点击Access to Data。

Access to Data

选择Repository

Repository

点击左侧的Cases

Cases

下方有一行“Add Cases/Biospecimen Filter”，点击该蓝色字。
搜索‘"samples.sample_type’,可以看到它的描述是：Text term to describe the source of a biospecimen used for a laboratory test.

image.png

添加该filter后你就能看到许多分类，包括tumor和normal：

samples.sample_type

最后你可以选择你需要的正常样本，导出他们的sampleID进行下载。