高通量虚拟筛选技术及在中药/天然产物挖掘药效分子中的重要案例合集

（1）–从中药资源数据库构建莲花清瘟胶囊的中药单体数据
（2）—从中药资源数据库构建复方丹参滴丸的中药单体数据
（3）–使用ChemiDraw绘制化合物结构、Chem3D进行结构优化
4–新冠病毒Mpro蛋白酶为靶点的蛋白结构获取活性位点表征
5 --埃博拉病毒跨膜糖蛋白三聚体为靶点的蛋白结构获取和活性位点表征
6–新冠病毒Mpro蛋白酶为靶点的同源建模
7–胞外淀粉酶的同源模建过程
8–人钠依赖性葡萄糖协同转运蛋白2（hSGLT2）同源建模
9–新冠病毒跨膜蛋白酶丝氨酸2 (TMPRSS2)的同源建模
10–构建beta-1肾上腺素受体的同源模型并进行加膜处理
11–人钠依赖性葡萄糖协同转运蛋白2（hSGLT2）的同源建模及加膜处理
12–将一组配体分子对接到胸苷激酶（thymidine kinase）
13–基于新冠病毒Mpro蛋白酶的LibDock快速分子对接演练
14–将布洛芬配体分子对接回原COX-1 受体的结合位点中
15–基于新冠病毒Mpro蛋白酶的CDOCKER分子对接演练
16–将1fk9中结合的配体对接到1s1x
选用牛β-胰岛素作为受体蛋白，胰岛素抑制剂 CMTI-I作为配体蛋白，进行分子对接实操
17–以土贝母皂苷甲-抗肿瘤作用靶点挖掘为例（1）以辣椒素受体TRPV1作为靶标，实现中药药效分子高通量虚拟筛选。
18–以埃博拉病毒跨膜糖蛋白三聚体作为靶标，实现中药药效分子高通量虚拟筛选。
19–以PDB编号为1FJS的蛋白结构中的共结晶配体进行实操
20.20个丙酮酸盐激酶抑制剂的类药性预测
21—自行构建莲花清瘟胶囊的单体数据库的类药性预测
22–自行复方丹参滴丸的单体数据库的类药性预测新冠病毒的表面刺突糖蛋白S蛋白（PDB ID-6VSB）高通量虚拟筛选实操，三轮分子对接大规模筛选的化合物库（高通量-标准精度-高精度）
人周-期蛋白依赖性激酶2（CDK2）与抑制剂staurosporine的复合物结构1AQ1为例
SH3结构域中特征结构片段分子动力学模拟
简单蛋白质的分子动力学模拟演练