samtools安装

使用直接下载安装包，进行编译的方法安装samtools是非常复杂的，需要安装大量的依赖。先从这里：http://www.htslib.org/download/将samtools的安装包下载到本地，解压之后进人文件夹，直接
./confiure --prefix=/where/to/install
在最后就会报错，需要你先安装htslib。去刚刚那个网页，下载hstlib解压之后在htslib文件夹内
./confiure
会出现
fatal error: lzma.h: No such file or directory
为了解决这个，需要安装liblzma-dev，在Ubuntu下使用sudo命令
sudo apt-get install liblzma-dev
再尝试安装htslib。会出现错误
fatal error: bzlib.h: No such file or directory
为了解决这个，则需要安装libbz2-dev。
sudo apt-get install libbz2-dev
将缺少的依赖全都安装完成后，先使用以下命令安装htslib。

cd htslib-1.x   
./configure --prefix=/where/to/install
make
make install

等hstlib正常安装完成后，再安装samtools。

cd samtools-1.x   
./configure --prefix=/where/to/install
make
make install

等待安装完成后，需要将samtools添加到环境变量中，然后使用samtools --version命令检查samtools是否已经安装完成。

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