Week7—TFmapper: 用ChIP-seq/ATAC-seq/DNase-seq数据预测感兴趣基因的调控因子

原文：TFmapper: A Tool for Searching Putative Factors Regulating Gene Expression Using ChIP-seq Data
DOI：10.7150/ijbs.28850
发表日期： 2018.09.07
作者：Jianming Zeng（大神哦）

TFmapper ：http://www.tfmapper.org/

功能：

• 用于搜索感兴趣的基因的调控因子
• 感兴趣基因组区域的转录因子
• peaks的可视化
• 相关序列的下载

数据集：
整合了ENCODE、GEO和Cistrome Project中的ChIP-seq/DNase-seq/ATAC-seq的数据集，目前共包括26445个人类和小鼠数据集，其中有11978个反式作用因子的ChIP-seq数据，11073个组蛋白修饰的ChIP-seq数据和1371个DNase-seq/ATAC-seq的数据集。

workflow of TFmapper

相似功能的工具：

• CistromeDB Tookit
  这篇文章做的时候应该是CistromeDB Tookit的功能还没公布,
  cistrome: http://cistrome.org/db/#/
  Tookit: http://dbtoolkit.cistrome.org/
  
  http://cistrome.org/db/#/

Tookit

• BindDB:https://www.bindingdb.org/bind/index.jsp
  包含的数据集少，只有455个鼠和人类的ESCs和iPSCs的数据集，而且获取得结果不包括peak的坐标位置，也没有提供序列提取和peak可视化的功能
• GTRD:http://gtrd.biouml.org/
  包含8828个鼠和人转录因子的数据集，不包含组蛋白和染色质可及性数据
• Remap: http://tagc.univ-mrs.fr/remap/
  包含1085个人转录因子的数据集，不包含组蛋白和染色质可及性数据