TREC Precision Medicine 使用Terrier进行信息检索

一、实验目标

学会使用一个信息检索系统完成给定的信息检索任务，包括创建索引、选择检索模型并设置参数、评价检索结果等等。

二、实验描述

使用一个信息检索系统，例如Galago、Elastic Search、Terrier、Anserini等，完成TREC 2018 Precision Medicine Track的检索任务，要求至少给出10组不同参数配置或检索方案的结果，并给出每组检索结果的各评价指标的得分，进行分析比较。

三、实验环境

       开发环境：Mac OS 10.15.1

    软件版本：Java JRE 1.8.0、Python 3.7、Terrier5.0

四、实验过程

4.1 配置Java环境

       在oracle官网下载jdk，按提示安装直到安装完成。

Java安装完成后在终端输入java或者java -version查看相关信息，接着在输入echo $JAVA_HOME，此命令将输出Java安装的路径。如果输出为空白，则需要修改zshrc文件，添加exportJAVA_HOME=$(/usr/libexec/java_home)保存退出即可。

 

4.2 安装Terrier

在进行具体的实验操作之前，本小组调研了多个信息检索的开源工具，包括 Lucene、Elasticsearch和Terrier。相比之下，Terrier 更适合用于完成本次任务，其专门为 TREC 比赛定制了接口，而且 Lucene 的评分函数比较简单，适合于工程开发，而 Terrier 对语言模型做了很多优化，更适合科研类任务。根据以往经验，用 terrier 实现要比用 Lucene 实现效果普遍更好。

可以从官网上或者 Github 下载 terrier-project-5.0-bin.tar.gz，下载完后解压即可。解压完成后目录如下图所示：

 

其中，

bin: 存放运行脚本，在 linux 系统下用.sh，在 windows 下用相应的.bat

doc：帮助说明文档集

etc: 存放建立索引和检索时的配置文件，如 collection.spec, terrier.properties

var: 检索结果的存放位置，存放 index， result，可以通过修改 etc 文件夹下的

terrier.properties 配置文件，定位到其他文件夹

share：存放 stopword-list.txt 等文件

src: 搜索引擎源代码

4.3 数据预处理

在利用 Terrier 进行检索实验之前，首先对给定数据集进行预处理，既是为了满足Terrier 的数据格式要求，也是为了提升查询检索的效果。

4.3.1 处理科学文摘的数据

       原始数据集是从Terrier官网下载的xml类型数据，每个数据中包含多个文献，并且有很多对查询影响较低的信息，所以将原数据中的文章编号、文章题目和文章摘要提取出来，生成新的检索数据，处理后的数据格式如下：

 

4.3.2 处理临床试验的数据

原始数据集是从Terrier官网下载的xml类型数据，每个数据中标签很多，包含很多不必要的信息，所以对其中有价值的标签进行提取。提取的标签主要有索引要求中涉及的，例如brief_title、official_title、brief_summary、detailed_description、MeSH Terms 和 criteria 等，以及查询文件中涉及的标签，例如minimum_age、maximum_age、gender。以 NCT00000102为例，处理后的格式如下：

 

4.3.3 格式化查询题目

       评测的查询输入是半结构化文本，描述了患者的癌症类型、相关的基因变异、年龄性别以及其他可能相关的因素，文件格式如下。需要说明的是，原始查询文件的根标签是 topic和 number，改成 TOP 和 NUM 之后，便于之后处理。

 

4.4 收集数据文档并建立索引

4.4.1 收集数据文档

收集需要建索引的数据并设置数据的路径。收集完成后，将会在terrier的etc 目录下创建一个collection.spec 文件，文件中包含将要建立索引的数据信息。执行命令格式如下：

bin/trec_setup.sh    

       即在bin/trec_setup.sh命令后输入需要建立索引数据所在的绝对路径。

4.4.2 建立索引

       数据收集完成之后即可建立索引，命令格式如下：   

bin/terrier batchindexing

       创建完成之后，将会在Terrier中var目录下的index中生成索引文件。通过下面的命令可以查看建立索引的信息：

              bin/terrier indexstats

       以建立科学文摘数据的索引为例，结果如下图所示：

 

4.5 查询检索

检索命令含有多个参数，可以在etc/terrier.properties文件里预先设好，也可以一个一个在命令行里指定。

基本命令为

bin/terrier batchretrieve

首先要设置查询的位置 通过“trec.topics”属性或者“-t”来指定查询位置，建议使用绝对路径。

其次要设置查询所使用的模型，通过“trec.model”属性或者“-w”来指定查询模型，包括BB2，BM25，LGD等等。Terrier默认的检索模型是DPH。

设置检索模型之后可以通过“-c”等参数设置模型参数（有些模型没有参数）。

以用BB2模型检索科学文摘为例，命令如下图所示：

 

检索完成之后，将在var目录下的results文件夹中生成.res文件，格式如下图所示：

 

4.6 相关反馈

加入伪相关反馈，其命令如下图。相较于上一步的检索命令，增加了 -q 和-Dqe.feedback.filename 参数，用于指定用哪一个模型的检索结果作为反馈的输入。下图中是以IFB2模型的结果作为反馈输入。

 

本组利用 Terrier 开源工具中已经实现的 Bo1、Bo2、KL 等伪相关反馈模型进行实验。可以在配置文件terrier.properties 中添加相关的配置项，或者是在每一行命令下添加上述参数。

4.7 结果评估

       以评估科学文摘的检索结果为例，利用给定的数据qrels-treceval-abstracts.2018.txt，对结果进行评估，命令如下图所示：

 

该命令执行后会生成一个模型对应的 eval 文件。该文件中包含了 MAP、Bpref、Recall、P_5、P_10 等度量指标值，下图是 BB2.eval 文件内容。

 

五、实验结果

5.1 模型选择

Terrier 开源工具中集成了许多信息检索模型，可以直接进行接口调用。实验过程中，本小组选择了 13 种模型进行测试，下表展示了不同模型的测试指标值。没有添加相关反馈的情况下，MAP 的最优结果为 0.2050，由IFB2 模型得到；P@5 的最优结果为 0.5640，由 In_expB2和IFB2 模型得到；P@10 的最优结果为 0.5140，由In_expB2 模型得到。经过实验分析，发现各个模型参数的变动对最终结果影响较小，所以在实验中大多数模型使用了默认参数。

Model	MAP	P@5	P@10
BM25	0.1453	0.4800	0.4560
BB2	0.2024	0.5520	0.5100
DLH13	0.0764	0.2760	0.2640
In_expB2	0.2040	0.5640	0.5140
DPH	0.0846	0.3120	0.3260
Hiemstra_LM	0.1076	0.3320	0.3040
IFB2	0.2050	0.5640	0.5100
LGD	0.0745	0.2480	0.2360
InL2	0.1405	0.4200	0.3940
PL2	0.1228	0.3540	0.3440
TF_IDF	0.1402	0.4400	0.4020
LemurTF_IDF	0.2030	0.5520	0.4800
DFR_BM25	0.1477	0.4560	0.4060

 

5.2 相关反馈

选出 4 个结果较好的模型添加相关反馈进行下一步测试，分别是In_expB2、BB2、LemurTF_IDF和 IFB2，也使用了一些初始结果较差的模型进行相关反馈实验。由于组合较多，下表只展示部分结果。

 

Model	MAP	P@5	P@10
IFB2+BB2	0.2134	0.5680	0.5280
BB2+IFB2	0.2116	0.5680	0.5260
In_expB2+BB2	0.2129	0.5680	0.5280
LemurTF+In_expB2	0.1934	0.5320	0.4800

在使用伪相关反馈的情况下，MAP 的最优结果为 0.2134，由 IFB2+BB2 模型得到，相较于未添加相关反馈的结果提升了4%；P@5 的最优结果为 0.5680，P@10的最优结果为0.5280，均无明显提升。

经过实验分析，发现利用BB2的查询结果作为反馈，再利用IFB2模型进行查询检索，得出的效果最优。

六、实验基本原理

6.1 评价指标

（1）召回率(Recall): RR/(RR + NR)，返回的相关结果数占实际相关结果总数的比率，也称为查全率，R∈[0,1]。

（2） 正确率(Precision): RR/(RR + RN)，返回的结果中真正相关结果的比率，也称为查准率， P∈ [0,1]。

（3）Bpref：基本的思想：在相关性判断(Relevance Judgment) 不完全的情况下，计算在进行了相关性判断的文档集合中，在判断到相关文档前，需要判断的不相关文档的篇数。

（4）NDCG：每个文档不仅仅只有相关和不相关两种情况，而是有相关度级别，比如0,1,2,3。我们可以假设，对于返回结果，相关度级别越高的结果越多越好，相关度级别越高的结果越靠前越好。

（5）MAP：平均正确率(Average Precision, AP)：对不同召回率点上的正确率进行平均。

（6）P@K：计算前 K 个位置的平均正确率。

6.2 模型介绍

（1）BB2（DFR）：用于随机性的Bose-Einstein模型，用于首次归一化的两个伯努利过程的比率，用于术语频率归一化的归一化2。

（2）BM25：BM25概率模型。。

（3）DLH（DFR）：DLH超几何DFR模型（无参数）。

（4）DLH13（DFR）：DLH的改进版本（无参数）。

（5）DPH（DFR）：使用Popper的归一化（无参数）的另一种超几何DFR模型。

（6）Hiemstra_LM：Hiemstra的语言模型。

（7）IFB2（DFR）：用于随机性的逆项频率模型，用于首次归一化的两个伯努利过程的比率，用于项频率归一化的归一化2。

（8）In_expB2（DFR）：用于随机性的反向期望文档频率模型，用于首次归一化的两个伯努利过程的比率，用于术语频率归一化的归一化2。

（9）InL2（DFR）：用于随机性的逆文档频率模型，用于第一归一化的拉普拉斯继承，以及用于术语频率归一化的归一化2。

（10）LemurTF_IDF：Lemur的tf * idf加权功能版本。

（11）LGD（DFR）：对数逻辑DFR模型。

（12）PL2（DFR）：用于随机性的Poisson估计，用于第一次归一化的Laplace继承和用于项频率归一化的归一化2。

（13）TF_IDF：tf * idf加权函数，其中tf由罗伯逊的tf给出，idf由标准Sparck Jones的idf给出。

 

参考：

TREC Precision Medicine / Clinical Decision Support Track

Terrier官网