STRING-Cytoscape

以下用大量截图展示

1.不明觉厉

The STRING database in 2017: quality-controlled protein–protein association networks, made broadly accessible

• 蛋白的关系包括直接的（物理上的binding）和间接的相互作用；
• STRING的证据来源主要有7个
  • Experiments
  • Database
  • Textmining
  • Coexpression: 多个条件下，表达模式上一致的蛋白，相关性得分（association score）高；
  • Neighborhood：在彼此的基因组邻居中有表达；
  • Fusion：在至少一个物种中，两个蛋白的同源物融合成一个编码蛋白的基因；
  • Co-occurrence:两个蛋白分布一致，即其同源物在相同的物种中表现出存在或缺失的现象；

2.STRING网页的使用过程

• 直接粘贴差异基因list，我看到的文献也有使用了非差异基因的，后续会在cytoscpae中用degree进行筛选；

  
  
  image
• 界面很人性化，有提示，直接CONTINUE即可；

image

• 如果不太复杂，直接下载tsv格式进行下一步可视化即可；

image

• 也可采纳STRING里的富集分析结果于自己的分析中，页面下方下载即可；

  
  
  image

• 如果基因数目太多，可以通过其他设置（比如，confidence score），这样后续可视化也会好看些；设置后，update，再回到Exports界面导出tsv格式的string_interactions;

  
  
  image

3.Cytoscape

• 这里用到了两个文件，从STRING下载到的string_interaction.tsv和对差异基因的一些限制，比如（p.value）；

image

image

• 导入相应文件

image

• 筛选

image

• 风格的设定这里根据之前的symbol的上下调与否，进行颜色的筛选；选定之后点击Lock node width and height,可以根据symbol的限制作size的调整；风格可以依据需求作discrete和continuous的mapping；
  

  image

• 网络计算

  
  
  image

• 调整后可转存图片

  
  
  image