某天，地球上出现了一种神秘的生物，他们蚕食人类的大脑，占据人类的身体，甚至把人类当作食物大口吃掉。故事中的主角泉新一正是被寄生的人类之一，只不过幸运的是，这只寄生兽没能夺取他的大脑便成熟了，此后便只能作为新一的右手与之共存。在最初的相处中，新一对这只名为小右的寄生兽带有强烈的排斥。和小右一起消灭他的同类时，也被小右毫无情感波澜，只想保全自己的行为和言语惊到，称其为无情无义的虫子、恶魔。然而小右却对新一说：“新一，我查了恶魔这一词汇，我觉得与之最为接近的生物是人类。人类会残杀和捕食一切物种，而我的同类的食谱中才一两样，算是口味清淡的啦。”随着故事的推进，这句话越发耐人寻味。
主角泉新一无疑是善良的，是那种哪怕没有能耐，却会在看到受欺负的小动物和同学时挺身而出的人。 这样的善良是他的天性和魅力，因此即使他总是一副战战兢兢，很怂的样子，依旧有很多人喜欢。使之改变的转折发生在泉新一妈妈被寄生兽杀害后，他因为不忍而被寄生兽刺中心脏。为了挽救濒临死亡的新一，小右的部分细胞与之进行融合，这也使得新一丧失了身为人类的某些情感，变得冷漠和冷静。这样的变化表现在流不出眼泪，无论遇到多大的事情都能在深呼吸过后理智对待。与前期保护流浪狗相比，提着死掉的流浪狗扔进垃圾桶，并说出“死掉的狗就不再是狗，只是一团狗形状的肉块”的新一显然已经具备了小右的思维方式。
而作为反派中的主角田宫良子，与其它把人类当作食物的寄生兽相比尤为与众不同。她并不渴望杀戮，甚至是有些厌恶的。她一直在思考自己为何要降生在这个世上，于是她学着人类的样子尝试吃人类的食物，和A先生尝试性交并成功怀孕，去学校教书，去大学听课，做各种研究。最后得出一个结论：寄生生物和人类是家族间的关系，寄生生物是人类的孩子。寄生生物很弱小，是做不到独立生存的弱小存在。
的确，和数以亿计的人类相比，他们的存在是弱小的。寄生兽自以为强大无比，但在人类看来他们即便恐怖，却也能通过科学的手段被辨认出来，然后再被一一干掉。人类和寄生生物之间存在的平衡其实并不能促使对方做到相互理解。
作为一部呼吁环保的优秀作品，保护环境的主题也一直贯穿全剧。在屠杀寄生兽的市政大楼，广川愤怒地控诉人类“但凡杀戮。世上没有生物能与人类匹敌，不过此刻你们手中紧握的道具，必须被用于其他更为重要的目的，为守护生态和平，那才是你们的本职工作。换个字眼，就是间苗。再过一段时间，全人类都会意识到，必须尽快减少地球上的人口数量。排污的罪，远比杀人要重得多。随后，意识到我等存在的重要性，甚至还会采取保护措施。你们必须珍惜自己的天敌，并且这一天敌才适合为大自然的壮美金字塔封顶，比人类还要高一级！这样生态平衡才能恢复。地球上或许会有人不经意地想到，必须守住大家的性命。与其最后变卦，起初就别冠冕堂皇。环境保护不也是人类为自身目的制定的扭曲概念。别只顾自身繁荣，多为整个生物圈想想，不然怎配被叫做万物灵长。你们人类口口生生说为了正义，世上哪还有崇高的正义，和寄生于人类，承担着维持生态平衡的我等相比。人们人类才是啃噬地球的寄生虫，不，是寄生兽。”讽刺的是，以寄生兽的名义发出的控诉，在被射杀后，人们才惊讶的发现广川是货真价实的人类。同样的，新一在和寄生兽中最强大的存在后藤决斗中，只是随意的从焚烧后的垃圾中捡了一根棍子，没想到焚烧后的垃圾存在剧毒，而使之丧命。又是多么的讽刺，人类随意倾倒剧毒垃圾，不也极度自私和丑陋吗？
人类总是站在上位者的角度，制定了一系列似乎符合人类作风的准则并要求其他物种也遵守。剥夺掉其他物种生存的权利，一边喊着保护环境一边又肆意破坏环境。而所谓的保护环境不也只是害怕自身的灭亡。人类的庞大数量决定了这一切发生的合理性，但如果从其他物种的角度去看，寄生兽捕食人类和人类吃掉鸡鸭牛羊不也是同样的道理，都是为了生存下去。
撇开环保这一主题，这部日漫同时也在探寻人性。来自母亲的爱，爱情，对动物的怜悯，勇于牺牲自己保护自己所爱的人，这些人性的光辉也被淋漓尽致的展现出来。
孩提时代的新一差点被油泼到，是新一的母亲徒手接住了整盆油。而被烫伤之后却只顾着问新一有没有事。妈妈比你的痛多，这样的伤疤一辈子都在见证一个母亲对孩子深沉的爱。田宫良子的母亲轻易地察觉到站在自己面前这个人不是自己的女儿，田宫良子百思不得其解，明明外貌声音都一模一样，她是怎么认出来的。这个问题在她人生终结时，提交了完美的答案。明明一直说要把孩子当成实验品，却在寄生兽提到她腹中孩子的时候下意识的摸下自己的肚子。看到孩子差点被丢下去立马杀了仓雄保护了自己的孩子。明明可以抵抗活下去却为了保护孩子不做任何抵抗。这一切的一切都是为了爱。
加奈喜欢新一，默默地跟着他，看着手机的那个他，看着他亲吻别的女孩子。难过却依然不愿放弃。在听到新一坦白了和小右的事之后依然没有放弃，认为自己有单独把新一从那群怪物中单独识别出来的能力。为了验证这个能力甚至付出了生命。怀着对新一的爱，村野才能每一时刻都感受到新一的每一次变化，在她心里，新一一直是善良而又勇敢的。细细想来，村野一直都是陪伴在新一身边的，也许早已察觉新一的怪异却仍然奋不顾身。在被浦上挟持的时候，阻止新一说出自己是怪物这样的话。
"新一，我一直想到你的身边去。可你走得太快，不知不觉走到我陌生的世界，被甩在后面的人一直是我才对。不过，现在我总算追上你了，而且好像还跑到了你的前面。"
善的对立面是恶，世间万物皆有善恶之分。如果把寄生兽中的在与新一相处中一点点改变，和加藤战斗中保护新一，叫新一快逃的小右以及保护自己孩子的田宫良子称之为善的话，无法自控的A先生和岛田以及渴望战斗的杀戮机器后藤就是恶。而人类的恶其实更难区分，因为田宫良子未婚先孕而声讨她，打算辞掉她的老师们，在市政大楼为了杀掉寄生兽而枉顾一些人类生命的警察难道没有恶的成分吗？最穷凶极恶的魔鬼其实是杀人犯浦上，因为杀了太多人，对人类毫无怜悯之心，玩弄着比自己弱小的群体。这样的人才是真正的怪物吧。
"路上遇到并相识的生物，转眼就死了，为什么届时还会悲伤？"
"因为人类就是闲的发慌的生物咯，不过，这也是人类最大的可取之处，心有余裕的生物，多么美好。"
生而为人，多么美好。
"我们都降生在这个地球上，反复通过微不足道的点相处理解，并加以累积，最终彼此依存，互相扶持着走向生命的终焉。"