R|小技巧

1.默认加载包

如果在操作过程中，经常用到一些R包，可以设置成启动R后自动加载。在配置文件.Rprofile中设置。

file.edit("~.Rprofile")

在打开的.Rprofile文件中输入：

#设置默认镜像
local({r <-getOption("repos")
r["CRAN"]<-"https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"
options(repos=r)})

#设置Biconductor镜像
options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

.First <- function(){
  library(tidyverse)
  library(pacman)
  cat("\nWelcome at",date(),"\n")
}

.Last <- function(){
  cat ("\nGoodbye at ",date(),"\n")
}
.First <- function(){
  library(tidyverse)
  library(pacman)
}

Rmarkdown中，在代码块中设置eval=FALSE:显示代码，但不运行。

2.为R添加额外扩展包加载路径

默认情况下，R包加载目录在.libPaths()目录中，可以为其添加更多的路径。

.libPaths()

## [1] "E:/Rproject"                        "D:/Program Files/R/R-4.0.3/library"

.libPaths(new = "E:/Rproject")

.libPaths()

## [1] "E:/Rproject"                        "D:/Program Files/R/R-4.0.3/library"

3. 拆迁R包

某些特殊情况下，需要将一台设备上安装的R包，在另一台设备上安装，首先保存A设备上的R包list,然后再 另一台设备上安装。

# A设备
oldip <- installed.packages()[,1]
save(oldip,file = "installedPackages.Rdata")

# B设备
load("installedPackages.Rdata")
newip <- installed.packages()[,1]
for(i in setdiff(oldip,newip)){
  install.packages(i)
}

4.修改默认语言

Sys.getlocale() #显示系统语言

## [1] "LC_COLLATE=Chinese (Simplified)_China.936;LC_CTYPE=Chinese (Simplified)_China.936;LC_MONETARY=Chinese (Simplified)_China.936;LC_NUMERIC=C;LC_TIME=Chinese (Simplified)_China.936"

Sys.setenv(LANGUAGE="en") #更改默认语言为英文

5. 边赋值边显示

(x <- rnorm(10))

##  [1]  0.5454380  0.8646612 -0.5604911 -0.6011802 -1.6594942  0.2001943
##  [7] -1.5415910 -0.7013765 -0.4777953  0.3674361

6.显示源代码

直接输入函数名，不加括号即可。

sd

## function (x, na.rm = FALSE) 
## sqrt(var(if (is.vector(x) || is.factor(x)) x else as.double(x), 
##     na.rm = na.rm))
## 
## 

7.利用函数修改镜像

chooseCRANmirror() #选择CRAN镜像
chooseBioCmirror() #选择Bioconductor镜像

8.默认保留小数点位数

默认R显示7位小数，如果想默认显示3位小数，digits=3。

options('digits' = 3)

9.选择最快的R镜像

Y叔开发的新技能，寻找最快的CRAN和Bioconductor镜像。

# install.packages("do")
do::mirror.speed(min.second = 0.1) #检测可以在0.1s以内访问的镜像。

再结合file.edit("~.Rprofile")就可以快速进行下载了。

逐步更新中…………

参考文献：

R语言的一些特殊技巧（参考自公众号：基因学苑）
你不需要每次都重复加载一堆R包（参考自公众号：基因学苑）