snakemake流程开发

官方文档:https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/
使用场景:搭建生信分析流程,可重复性使用,支持分析中断继续分析的功能。
安装:推荐使用conda安装。
先安装conda,然后使用conda安装mamba软件

$ conda install -n base -c conda-forge mamba

激活base环境,使用mamba安装snakemake

$ conda activate base
$ mamba create -c conda-forge -c bioconda -n snakemake snakemake

激活snakemake环境,测试是否安装成功

$ conda activate snakemake
$ snakemake —help

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