MaxQuant-linux版本使用

弄完我才知道为何很多人吐槽这个软件的Linux版本很难用，各种报错都是泪呀。大概正确的安装和运行操作如下，很多教程遇到的坑我就不写了。

首先去maxquant的官网去获得maxquant这个软件，点击下载你就要提交一个申请，它会自动发到你邮箱，然后就可以下载

image.png

然后把这个软件分别在window上面一份以及在Linux上面一份

安装环境

如果奇怪我为何用的是mamba而不是conda可以看这个 mamba极速安装conda包

mamba create -n Promaxquant
conda activate Promaxquant

mamba install -y -c conda-forge https://anaconda.org/conda-forge/dotnet/3.1.409/download/linux-64/dotnet-3.1.409-ha770c72_0.tar.bz2

 ## 需要3.1.1 左右的.net

mamba install -y -c conda-forge maxquant  
###其实这个maxquant没有意义，需要的是其中附带的mono

然后使用windows版本生成相应的mqpar.xml 文件，然后最好是手动修改mqpar.xml的路径（虽然它有推荐有相应的命令,在这个youtube视频以及官网上都可以找到），如何用windows版本生成可以参考这个视频

MQSS 2021 | Pre-course: How to run MaxQuant on Linux | Pavel Sinitcyn - YouTube

确认好mqpar.xml的文件路径正确之后，激活相应的conda环境，然后可以运行，需要的是MaxQuantCmd.exe（注意有Cmd这个）

(Promaxquant) [lp@localhost data]$ mono MaxQuant_v2.2.0.0/bin/MaxQuantCmd.exe TestRAW/mqpar.xml 
Configuring 
Assemble run info 
Finish run info 
Testing fasta files 
Testing raw files 
Feature detection 
Deisotoping 
MS/MS preparation 
Calculating peak properties 
Combining apl files for first search 
Preparing searches 
MS/MS first search 
Read search results for recalibration 
Mass recalibration 
Calculating masses 
MS/MS preparation for main search 
Combining apl files for main search 
MS/MS main search 
Preparing combined folder  
Correcting errors 
Reading search engine results 
Preparing reverse hits 
Finish search engine results 
Filter identifications (MS/MS) 
Calculating PEP 
Copying identifications 
Applying FDR 
Assembling second peptide MS/MS 
Combining second peptide files 
Second peptide search 
Reading search engine results (SP) 
Finish search engine results (SP) 
Filtering identifications (SP) 
Applying FDR (SP) 
Re-quantification 
Reporter quantification 
Prepare protein assembly 
Assembling proteins 
Assembling unidentified peptides 
Finish protein assembly 
Updating identifications 
Estimating complexity 
Prepare writing tables  
Writing tables 
Finish writing tables 

下面这些命令我不知道有没有用，因为我也是安了，不知道有没有解决其中的依赖，理论上应该不用运行和安装下面的命令

# For CentOS 7:

yum install centos-release-scl
yum install devtoolset-8
scl enable devtoolset-8 -- bash

# Enable the tools (put this into .bash_profile)
source /opt/rh/devtoolset-8/enable

还有一些命令可以参考tc3/maxquant_linux_guide

1. atc3/maxquant_linux_guide: A guide to running MaxQuant in Linux (github.com)

2. maxquant：common：download_and_installation [MaxQuant 文档] (coxdocs.org)

3. MaxQuant goes Linux | Nature Methods